ImmPort數(shù)據(jù)庫下載教程：Shared Data模塊使用方法
ImmPort（Immunology Database and Analysis Portal）是由美國國立衛(wèi)生研究院（NIH）、過敏與傳染病研究所（NIAID）及過敏免疫移植部（DAIT）聯(lián)合開發(fā)的免疫學(xué)數(shù)據(jù)平臺。該平臺開放共享，為全球研究者提供免疫學(xué)數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化歸檔與開放訪問。
ImmPort數(shù)據(jù)庫分為四大應(yīng)用模塊：
1、Private Data：研究者可上傳、管理私有數(shù)據(jù)（如未發(fā)表的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)），控制訪問權(quán)限。
2、Shared Data：包含大量免疫研究項(xiàng)目及樣品的臨床與檢測數(shù)據(jù)，可下載并使用。這個(gè)模塊是今天介紹的重點(diǎn)。
3、Data Analysis：提供圖形化界面與開源工具進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。
4、Resources：ImmPort的綜合資源中心，旨在為研究者提供標(biāo)準(zhǔn)化工具、參考數(shù)據(jù)集及分析指南，支持免疫學(xué)數(shù)據(jù)的深度挖掘與跨研究整合，助力免疫組學(xué)研究。這個(gè)模塊里整理出很多免疫學(xué)領(lǐng)域有價(jià)值的信息，下一期會詳細(xì)介紹這個(gè)模塊。
ImmPort數(shù)據(jù)庫Shared Data模塊使用方法
打開ImmPort官網(wǎng)并選擇Shared Data模塊，或者直接訪問網(wǎng)址，便會看到如下界面（圖1）。界面中位于上方的搜索框中可輸入關(guān)鍵詞或研究項(xiàng)目編號（SDY編號）進(jìn)行數(shù)據(jù)集搜索。此外，也可以通過下方的Data Summary、Matrix Summary和Bubble Summary篩選出相關(guān)的數(shù)據(jù)集。
圖1. ImmPort Shared Data首頁我們輸入“breast”進(jìn)行搜索，進(jìn)入搜索結(jié)果頁面（圖2）。ImmPort提供了多種方式對搜索結(jié)果進(jìn)行篩選并提供了操作教程（圖3）。搜索結(jié)果包含Studies和Subjects兩部分。Studies是研究項(xiàng)目，包含許多樣品的數(shù)據(jù)。而Subjects是Studies中包含的各樣品信息。搜索結(jié)果以列表形式呈現(xiàn)。列表中各title含義如下：
1）Study：研究項(xiàng)目編號
2）Title：研究項(xiàng)目名稱
3）Pubmed Id：研究項(xiàng)目來源于哪篇已發(fā)表文獻(xiàn)
4）Research Focus：研究方向
5）Condition/Disease：狀態(tài)或疾病類型
6）Assay Methods：實(shí)驗(yàn)檢測方法，括號里是檢測數(shù)量
7）Latest Release Version：研究項(xiàng)目的新版本號（DR編號，編號數(shù)字越大版本越新）。ImmPort數(shù)據(jù)庫允許上傳者對上傳的數(shù)據(jù)集進(jìn)行更新（如新增樣本、修正錯(cuò)誤、補(bǔ)充元數(shù)據(jù)），更新后版本號會迭代更新。在論文或分析中引用數(shù)據(jù)集時(shí)，必須注明版本號，以便他人復(fù)現(xiàn)結(jié)果（如：使用ImmPort SDY1597, DR34版本數(shù)據(jù)”）
8）Program Name：研究項(xiàng)目所屬的大型科研計(jì)劃或資助項(xiàng)目的名稱
圖2. ImmPort Shared Data搜索結(jié)果
圖3. ImmPort Shared Data搜索結(jié)果篩選教程打開SDY1597進(jìn)入該研究項(xiàng)目詳情頁，可以看到該研究項(xiàng)目的詳細(xì)信息（圖4）。打開右上角的“Study Package（Web）”可進(jìn)入數(shù)據(jù)下載頁面（圖5）。ImmPort數(shù)據(jù)庫下載數(shù)據(jù)需要賬號登陸并使用Aspera進(jìn)行數(shù)據(jù)傳輸。如果沒有登陸賬號或缺少數(shù)據(jù)傳輸必要的擴(kuò)展插件和Connect軟件的話，網(wǎng)站會跳轉(zhuǎn)到登陸界面或插件與軟件下載提示窗口。
圖4. SDY1597項(xiàng)目詳情頁可下載內(nèi)容主要包含三個(gè)部分：
1.實(shí)驗(yàn)方法（Protocols）和每個(gè)樣品的檢測結(jié)果（ResultFiles）。
2.ImmPort數(shù)據(jù)庫的結(jié)構(gòu)化輸出結(jié)果。其中，“XXX_result.txt”文件非常重要。該文件記錄了多個(gè)樣品的臨床信息和對應(yīng)的檢測數(shù)據(jù)結(jié)果文件名稱，幫助我們將下載到的每個(gè)樣品數(shù)據(jù)結(jié)果與其臨床信息結(jié)合到一起。
3.*archive文件夾內(nèi)包含了不同版本（DR編號）的結(jié)構(gòu)化輸出結(jié)果。
圖5. SDY1597項(xiàng)目數(shù)據(jù)下載頁這一期我們學(xué)習(xí)了如何從ImmPort數(shù)據(jù)庫的Shared Data模塊搜索和下載免疫類研究項(xiàng)目的數(shù)據(jù)。下期詳解ImmPort數(shù)據(jù)庫Resources模塊使用技巧。
