圖 用于自動(dòng)化細(xì)胞格類型標(biāo)注的popV框架

SCimilarity
另一款用來(lái)檢測(cè)細(xì)胞“相似性”的工具SCimilarity也被開(kāi)發(fā)出來(lái)。就像基因?qū)W家使用BLAST算法來(lái)尋找相關(guān)的基因序列一樣。SCimilarity 可以幫助研究人員“弄清楚兩個(gè)細(xì)胞是否相似。該工具開(kāi)發(fā)人員給計(jì)算機(jī)輸入了5000萬(wàn)個(gè)三聯(lián)細(xì)胞，其中每個(gè)三聯(lián)細(xì)胞包含兩個(gè)相似的細(xì)胞和一個(gè)異常的細(xì)胞，直到軟件學(xué)會(huì)區(qū)分匹配細(xì)胞類型的特征。每個(gè)細(xì)胞最初是由大約20000個(gè)人類基因的表達(dá)來(lái)定義的，但該程序?qū)⑦@些基因壓縮成128個(gè)關(guān)鍵特征來(lái)識(shí)別細(xì)胞，該數(shù)據(jù)庫(kù)涵蓋了近400個(gè)數(shù)據(jù)集的2300多萬(wàn)個(gè)細(xì)胞，搜索只需幾秒鐘。為了測(cè)試相似性，研究人員尋找了含有與纖維化肺組織中發(fā)現(xiàn)的某些免疫細(xì)胞相似的細(xì)胞的數(shù)據(jù)集。通過(guò)對(duì)17項(xiàng)涉及近42,000個(gè)細(xì)胞的體外和體外研究的搜索，該團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)，在3D水凝膠系統(tǒng)中生長(zhǎng)的用于制造血液干細(xì)胞白細(xì)胞與之相匹配。
 

圖 SCimilaruty工作流

參考文獻(xiàn)：
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