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短串聯重復序列STR(Short Tandem Repeat)鑒定科普

瀏覽次數:1906 發布日期:2024-7-26  來源:本站 僅供參考,謝絕轉載,否則責任自負
1,STR簡介:
STR(Short Tandem Repeat,短串聯重復序列)基因位點由長度為3~7個堿基對的短串連重復序列組成 ,這些重復序列廣泛存在于人類基因組中,可作為高度多態性標記,被稱為細胞的DNA指紋。
2,生產流程:
STR的生產流程主要包括,樣本收集,DNA抽提,毛細管凝膠電泳,數據導出和報告分析,其中比較重要的在于實驗操作過程中的污染質控,以及后續的報告解讀部分。對于需要做申報的公司,運行數據的保存也是相當重要的。
 
圖1,STR整體質控流程
3,鑒定標準和位點:
參考美國國家標準學會(American National Standard Institute,ANSI) 標準:STR Loci (minimum set)TH01, TPOX, vWA, CSF1PO, D16S539, D7S820, D13S317, and D5S818 Gender marker Amelogenin,采用ATCC公布細胞鑒定金標準8位點+1個性別位點,后續11個高度多態性位點輔佐判斷。
 
圖2,STR位點信息
4,完整的報告結果:
涵蓋一個陽性樣本質控峰圖結果,數據庫比對表,標準的STR鑒定報告,毛細管凝膠電泳測序峰圖。其中,陽性質控是比較重要的,能確保實驗操作過程中的污染判別,排查實驗操作人員或者環境中的污染結果。
圖3,完整的STR報告結果
5,質量管理體系:
上海翼和STR嚴格依據實驗室質控標準:ISO9001質量管理體系,CMA司法鑒定標準,建立了完整的質量管理體系,從試劑耗材,到實驗操作,數據監控等方面監控實驗數據產出,確保數據的真實性及可靠性。
 
圖4,質量管理體系
 
6,數據庫比對:
目前比較常用的數據庫包括,美國ATCC細胞庫,德國DSMZ細胞庫,日本JCRB細胞庫,日本Riken細胞庫,國家實驗細胞資源共享平臺,EXPASY數據庫結果。翼和實驗數據,通過自動檢索軟件,對比德國DSMZ細胞數據庫結果,后續人員復核依照21位點結果,比對EXPASY數據庫,國家實驗細胞資源共享平臺數據作為補充,復查數據結果。
 

圖5,數據庫比對結果
7,判讀標準:
匹配度(EV值)計算公式:=匹配度(%)
EV值≥1.0,細胞完全匹配參考細胞結果。
0.8≤EV值<1.0,細胞基本匹配參考細胞結果,基本匹配往往伴隨多等位的結果,需要參考21位點的結果來判讀是否是交叉污染,還是細胞微衛星不穩定導致的。
EV值<0.8,細胞不匹配。
8,增值服務:
  • 基于QPCR方法的4種屬鑒定結果,往往是人和小鼠STR鑒定體系檢測不到信號值的情況下,免費幫客戶補測種屬。確保種屬來源正確,或者排查其他種屬源細胞污染的情況。4種屬涵蓋:人,小鼠,大鼠,倉鼠,4個物種。
  • 10種屬鑒定結果:QPCR原理的種屬檢測服務,后續根據客戶意愿決定是否需要排查4種屬外的其他物種結果。
  • 英文報告:部分公司或者科研單位,尤其發表論文的老師,需要提供報告的英文報告用于發表論文。可以聯系對應銷售人員安排免費出具英文報告結果。
  • 為期至少一年的數據保留,和半年的客戶樣本保留。
9,STR應用場景:
  1. 常見永生化細胞的鑒定,論文發表和公司細胞庫建庫。
  2. 細胞培養過程中的交叉污染情況排查。
  3. 干細胞來源一致性比對。
  4. 自主的原代細胞建立,排查污染和原始數據保留。
10,參考文獻:
1,A resource for cell line authentication, annotation and quality control Nature 520,307–311(16 April 2015)
2,Cell line misidentification:the beginning of the end Nature Reviews Cancer 10, (June 2010)
3,American Type Culture Collection Standards Development Organization Workgroup,A.S.N., Cell line misidentification: the beginning of the end. Nat Rev Cancer, 2010. 10(6):p. 441-8.
4,Reid Y, Storts D, Riss T, Minor L. Authentication of Human Cell Lines by STR DNA Profiling Analysis. Assay Guidance Manual [Internet]. Bethesda (MD): Eli Lilly & Company and the National Center for Advancing Translational Sciences; 2004-.2013 May 1.
 
發布者:上海翼和應用生物技術有限公司
聯系電話:021-33559491
E-mail:jiyn@biowing.com.cn

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