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【Sci Rep IF5.228】iTRAQ技術(shù)研究植物脅迫

瀏覽次數(shù):3488 發(fā)布日期:2019-3-4 

Comparativeproteomic analysis of the shoot apical meristem in maize between aZmCCT-associated near-isogenic line and its recurrent parent.

文獻(xiàn)來源:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27468931

研究背景:ZmCCT,是影響植物光周期反應(yīng)非常重要的一個(gè)基因。對于玉米而言,長期光照會延遲其開花的時(shí)間。本篇文章是在蛋白質(zhì)組學(xué)層面探討一下玉米種光照周期性的分子機(jī)制。

樣本來源:頂端分生組織(SAM),來源于ZmCCT-positive株系NIL-cml  vs.  ZmCCT-negative株系H4

技術(shù)路線:iTRAQ,三個(gè)生物學(xué)重復(fù)

技術(shù)路線

研究結(jié)果:

1. 共鑒定出5259個(gè)蛋白質(zhì),386個(gè)差異蛋白質(zhì)。這些差異蛋白與能源產(chǎn)生、光合作用、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、抗壓和防御、糖代謝、蛋白質(zhì)代謝功能有關(guān),也包含一些未知功能的蛋白。

鑒定蛋白質(zhì)的GO功能分析

鑒定蛋白質(zhì)的GO功能分析

 

差異蛋白質(zhì)的Venn圖

差異蛋白質(zhì)的Venn圖

2. 在長日照條件下,與H4株系正常的營養(yǎng)生長和生殖生長相比, NIL-cml株系推遲了營養(yǎng)生長和生殖生長。

微信圖片_20190304092852.png

營養(yǎng)生長狀態(tài)到生殖狀態(tài)蛋白表達(dá)分析

3. 挑選出52個(gè)差異蛋白(由ZmCCT直接或間接誘導(dǎo),與碳水化合物代謝、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、防御反應(yīng)等功能相關(guān))進(jìn)行蛋白互作分析

蛋白互作分析

4. 蛋白層面進(jìn)行驗(yàn)證。挑選出3個(gè)蛋白,進(jìn)行WB驗(yàn)證。

微信圖片_20190304093015.png

5. 從轉(zhuǎn)錄層面進(jìn)行研究。挑選出6個(gè)代表性基因:histone H2B,ribonucleoprotein A,glycine-rich RNA-binding protein,calmodulin-bindingprotein,malate synthase,14-3-3protein進(jìn)行qPCR分析。

微信圖片_20190304093057.png

qPCR檢測結(jié)果顯示,H4株系中(V3-V6階段)ZmCCT基因表達(dá)水平較NIL-cml株系低。同時(shí)發(fā)現(xiàn)蛋白層面和mRNA層面的表達(dá)模式并不完全一致,說明這些蛋白可能存在轉(zhuǎn)錄后修飾。

小編心得:本篇是一類很典型的利用蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)(iTRAQ)發(fā)表在Scientific Report上的文獻(xiàn),研究不同脅迫條件下植物組織在蛋白質(zhì)層面的表達(dá),通過目前常見的一系列生信分析(GO、聚類、互作)以及驗(yàn)證手段(WB,qPCR)獲取可信度較高的特異性(或目標(biāo)性)蛋白質(zhì),為進(jìn)一步的研究打下基礎(chǔ)。

文章結(jié)構(gòu)清晰,框架明顯,簡潔易懂,值得學(xué)習(xí)!
 

蛋白|修飾|代謝|脂質(zhì)|結(jié)構(gòu)確證

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