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芯空一號實現(xiàn)的單細胞空間轉(zhuǎn)錄組檢測數(shù)據(jù)

瀏覽次數(shù):350 發(fā)布日期:2025-5-28  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責任自負

Visium空間轉(zhuǎn)錄組測序,作為第一個商業(yè)化的空間轉(zhuǎn)錄組檢測平臺,這些年來極大地促進了空間組學的發(fā)展,也助力了很多高影響因子研究成果的發(fā)表。然而,第一代產(chǎn)品55μm尺度,OCT冷凍樣本的實驗方案,還是影響了大量臨床石蠟樣本的檢測;第二代CytAssist平臺的升級,不光實現(xiàn)了對石蠟組織樣本的拓展,也解決了樣本用普通玻璃片貼片再進行運送的問題;第三代Visium HD產(chǎn)品的升級,再次突破了檢測分辨率的局限,直接從55μm提高了到2μm分辨率。雖然從分辨率上來說,2μm的大小遠小于單個細胞的直徑,但是從分析角度來說,由于沒有更多的方法協(xié)助,還是做不到單個細胞的分辨率。如果有人跟你說,HD就是單細胞空間轉(zhuǎn)錄組檢測,放心,他絕對在忽悠人。

然而,要想實現(xiàn)HD數(shù)據(jù)單細胞空間分辨率的夢想還是要有的,這會兒還真能實現(xiàn)了。利用上機樣本的HE染色圖片,結(jié)合數(shù)據(jù)2μm尺度的分辨率,我們用新的算法軟件,實現(xiàn)了對HD數(shù)據(jù)進行細胞分割的想法。終于,在這個動蕩混亂的時代,我們還是在艱苦奮斗中有了一點小的突破。終于,在AI智能時代來臨之際,全轉(zhuǎn)錄組單細胞分辨率的Visium空間產(chǎn)品問世了。

讓我們一起來看一下HD數(shù)據(jù)實現(xiàn)的單細胞空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù):

分析一

圖片圖A,HE染色形態(tài)圖;圖B,算法識別到的細胞形態(tài)圖;圖C,圖A中紅框區(qū)域識別到的分割局部圖

分析二
 

圖片圖A,細胞分群全局圖;圖B,局部區(qū)域不同Cluster分布;圖C,細胞注釋全局圖;圖D,局部區(qū)域各細胞類型分布

分析三
 
圖片
圖A,腸上皮細胞Enterocyte marker Apoa1的表達分布總圖;圖B,Apoa1的表達分布局部圖;圖C,對應圖B區(qū)域的細胞注釋圖

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