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4D蛋白組學原始數據上傳可能遇到的問題及解決方案

瀏覽次數:1155 發布日期:2023-9-4  來源:本站 僅供參考,謝絕轉載,否則責任自負

ProteomeXchange(簡稱PX),是目前廣泛應用的蛋白質組學質譜數據存儲平臺,其旗下包括了PRIDE、MassIVE、PeptideAtlas、JPOST等質譜數據存儲平臺,按照視頻中的步驟您可以將蛋白原始數據上傳到PX上。(點擊閱讀文字版-4D蛋白質譜原始數據上傳指南)

網址:http://www.proteomexchange.org

在上傳數據過程中會遇到一些問題,在此陳列出來,希望對您有所幫助:
 

Q1:上傳質譜下機原始數據(RAW文件)時,需要把RAW文件壓縮為zip格式嗎?還是可以直接把RAW文件添加上去?

A:此處建議老師們先把每一個樣本的原始數據壓縮,之后把所有樣本壓縮包再次壓縮到一個文件夾里面進行上傳。

 

Q2:我們安裝完上傳工具,直接雙擊打開顯示如下問題,該如何解決?

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A:點擊確定之后雖可以正常打開軟件并且登錄,但是避免在后續上傳數據時出現問題或報錯,建議老師們使用如下方法打開軟件:在電腦搜索框中( )搜索cmd,點擊以管理員身份運行,打開命令提示符輸入cd→空格→軟件所在路徑→回車→java -jar px-submission-tool-2.6.0.jar→回車 即可打開軟件。

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Q3:在Step 3添加文件之后出現了問題是什么原因?

A:添加的文件名稱必須是全英文的,有中文字系統無法識別。

 

Q4:在Step 5關聯文件時點擊Relation后,文件會自動出現在下面欄里,可以不用點擊Add添加了么?

A:不可以,點擊Relation后勾選文件,之后必須點擊Add添加。

 

Q5:在最后點擊Submit后出現如下框,點擊確定之后軟件直接關閉了如何解決?

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A:顯示是用Aspera上傳有問題,此時我們要換成使用FTP上傳,按照提示在我們安裝的上傳工具px-submission-tool文件夾中找到config或者config.properties文件夾,文件夾中文件用記事本打開,將其中的px.upload.protocol改成ftp即可。

 

Q6:在數據上傳中顯示Failed file transfer(如下圖)是什么情況,如何處理?

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A:顯示Failed file transfer是數據上傳斷掉了,只能重新傳,點擊Back返回到上一步,如果點擊Cancel是整個取消了,軟件會直接關掉,因此點擊Back就可以,之后再次點擊Submit后再次上傳數據。注:數據上傳過程中一定要避免網絡波動,網絡波動數據上傳就會斷掉,建議選擇晚上上傳或者去網咖上傳。
 

上傳原始數據過程漫長,只要老師們耐心一步一步的按照要求上傳,最后一定可以上傳成功的!祝老師們上傳順利!

發布者:上海生物芯片有限公司
聯系電話:400-100-2131
E-mail:marketing@shbiochip.com

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