下表是一些熒光物質的激發光波長Ex(nm)和發射光波長Em(nm):​

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• · FITC修飾
• FITC(異硫氰酸熒光素)具有比較高的活性，我們公司可以通過兩種方式將FITC標記于多肽上：(1) 將FITC標記于賴氨酸（Lys）或被選擇性地脫保護的鳥氨酸（ornithine）側鏈氨基上；(2) 將FITC標記于多肽N端氨基。
• 當在N端標記時，建議在最后一個氨基和由異硫氰酸酯與氨基反應產生的硫脲鍵之間引入烷基間隔器（alkyl spacer）如氨基己酸（Ahx）。鏈接切割需要酸性環境，在N端標記FITC的多肽需經歷環化作用來形成熒光素，通常會伴有最后一個氨基酸的去除，但當有一個間隔器如氨基己酸，或者是通過非酸性環境將目的肽從樹脂上切下來時，這種情況可避免。空間位阻被認為是在熒光染料前使用Ahx的主要原因，而不是為什么FITC不能直接偶聯在多肽上的原因。
• Ahx或b-Ala均可作為間隔器用于FITC標記的多肽上。
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• · AMC修飾
•        AMC(7-氨基-4-甲基香豆素)是一種應用廣泛的熒光標記試劑， 與其他熒光染料不同的是，AMC修飾多肽分子是從C端進行：
•      （1）AMC與肽鏈C端第一個氨基酸反應;
•      （2）固相合成整條肽鏈（從第二個氨基酸開始），并且保留整條肽鏈的側鏈保護基和最后一個氨基保護基；
•       （3）液相縮合AA-AMC與全保護的肽鏈；
•       （4）切除保護基，完成肽鏈的修飾。
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通常，生物素、FITC等染料可任意標記在多肽N端或C端。但我們推薦N端標記，其成功率更高、所需時間更短、更易操作。由于多肽都是從C端往N端合成，所以N端修飾將是固相合成的最后一步，不再需要額外的偶聯步驟。相反，如果是C端標記，則需要附加步驟，而過程會更復雜。
     
大多數染料都是大型的芳香分子，如此龐大分子的介入有助于避免標簽和多肽之間的相互作用。這將有助于保持多肽的構象和生物學活性。一般來說，推薦引入一個柔性間隔如Ahx(一個6碳化合物)會使熒光標記更加穩定。否則FITC將很容易與其他任何位置的半胱氨酸的巰基或賴氨酸的氨基發生連接。