植物樣本細(xì)胞核分離試劑盒應(yīng)用案例：楊樹莖抽核及單細(xì)胞數(shù)據(jù)實(shí)測
楊樹莖抽核及單細(xì)胞數(shù)據(jù)實(shí)測
植物作為一種固基生物，需要通過其自身的轉(zhuǎn)錄程序來應(yīng)對(duì)日常環(huán)境暴露和面臨的挑戰(zhàn)。不同的細(xì)胞類型在植物發(fā)育和應(yīng)對(duì)環(huán)境挑戰(zhàn)中具有不同的生物學(xué)作用。精準(zhǔn)解析植物不同組織器官的細(xì)胞圖譜及功能有助于更好的理解其生物學(xué)作用機(jī)制。但是，由于植物細(xì)胞存在細(xì)胞壁，液泡且細(xì)胞大小不均一。導(dǎo)致植物的單細(xì)胞RNA測序（scRNA-seq）不能被廣泛的推廣應(yīng)用。盡管通過分離原生質(zhì)體可以實(shí)現(xiàn)scRNA-seq。但是原生質(zhì)體的分離也有很大挑戰(zhàn)。例如，不同物種和組織之間細(xì)胞壁中有機(jī)大分子的復(fù)雜成分需要特定的酶成分和濃度來水解細(xì)胞壁。同時(shí)，樣品與酶的接觸面積也會(huì)影響分離效率，并且原生質(zhì)體的大尺寸降低了細(xì)胞的捕獲效率。其次，植物細(xì)胞大小的差異很大，再加上滲透壓對(duì)細(xì)胞大小的影響，可能導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)偏差。因此，單細(xì)胞核RNA測序（snRNA-seq）是目前可以解決以上問題的最有效的方法。
楊樹莖單細(xì)胞核測序數(shù)據(jù)質(zhì)控
（Cell Ranger）
捕獲細(xì)胞核數(shù)13594個(gè)，單個(gè)細(xì)胞中位基因達(dá)1559，數(shù)據(jù)符合質(zhì)控要求。
植物作為一種固基生物，需要通過其自身的轉(zhuǎn)錄程序來應(yīng)對(duì)日常環(huán)境暴露和面臨的挑戰(zhàn)。不同的細(xì)胞類型在植物發(fā)育和應(yīng)對(duì)環(huán)境挑戰(zhàn)中具有不同的生物學(xué)作用。精準(zhǔn)解析植物不同組織器官的細(xì)胞圖譜及功能有助于更好的理解其生物學(xué)作用機(jī)制。但是，由于植物細(xì)胞存在細(xì)胞壁，液泡且細(xì)胞大小不均一。導(dǎo)致植物的單細(xì)胞RNA測序（scRNA-seq）不能被廣泛的推廣應(yīng)用。盡管通過分離原生質(zhì)體可以實(shí)現(xiàn)scRNA-seq。但是原生質(zhì)體的分離也有很大挑戰(zhàn)。例如，不同物種和組織之間細(xì)胞壁中有機(jī)大分子的復(fù)雜成分需要特定的酶成分和濃度來水解細(xì)胞壁。同時(shí)，樣品與酶的接觸面積也會(huì)影響分離效率，并且原生質(zhì)體的大尺寸降低了細(xì)胞的捕獲效率。其次，植物細(xì)胞大小的差異很大，再加上滲透壓對(duì)細(xì)胞大小的影響，可能導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)偏差。因此，單細(xì)胞核RNA測序（snRNA-seq）是目前可以解決以上問題的最有效的方法。
為響應(yīng)客戶對(duì)植物細(xì)胞核分離的需求，伯豪生物自主研發(fā)上市的伯優(yōu)®植物樣本細(xì)胞核分離試劑盒，在裂解細(xì)胞的同時(shí)，保持了細(xì)胞核膜的穩(wěn)定，并可以有效減少碎片、次生代謝產(chǎn)物的殘留及細(xì)胞核結(jié)團(tuán)或聚集等現(xiàn)象。目前，我們已經(jīng)針對(duì)禾本科，十字花科，楊柳科，百合科，豆科等9個(gè)科的11個(gè)物種進(jìn)行了細(xì)胞核分離方法建立，包括的小麥、玉米，油菜，番茄、枸杞，楊樹，洋蔥，菜豆等。下面給大家分享?xiàng)顦淝o的細(xì)胞核分離數(shù)據(jù)：
楊樹莖RNA質(zhì)檢結(jié)果：RIN:9.2
楊樹莖抽核結(jié)果：
(1) 細(xì)胞核數(shù)：26萬左右
(2) 碎片率：25%
(3) 結(jié)團(tuán)率：3%
楊樹莖單細(xì)胞核測序數(shù)據(jù)質(zhì)控
（Cell Ranger）
捕獲細(xì)胞核數(shù)13594個(gè)，單個(gè)細(xì)胞中位基因達(dá)1559，數(shù)據(jù)符合質(zhì)控要求。
植物樣本單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)的成功不僅來源于試劑的穩(wěn)定性，更源自于經(jīng)驗(yàn)的累積。不同植物樣本的嘗試，成百上千次的植物細(xì)胞核抽提，都會(huì)使成功概率一點(diǎn)點(diǎn)提升。我們不僅只成功了這一例，后續(xù)會(huì)有更多植物樣本類型的數(shù)據(jù)結(jié)果也會(huì)依次放出，大家敬請(qǐng)期待！
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