新型腫瘤標志物檢測利器之cfDNA甲基化測序（cfDNA-RBS）介紹
游離DNA（Circulating free DNA，cfDNA），是人體組織釋放到血液等循環體系中的降解的DNA片段，是一種新型的腫瘤分子標志物。ctDNA（Circulating tumor DNA）特指來源于腫瘤細胞的cfDNA，ctDNA甲基化是重要的表觀學修飾之一，可以在不改變基因序列的情況下，改變遺傳表現，從而控制基因的表達。基因甲基化發生是癌癥發生的重要機制，相當于調控基因表達的“開關”，其穩定性和一致性較好，因此ctDNA甲基化是癌癥腫瘤標志物篩查的理想手段。
腫瘤的組織起源決定了其組織特異性的DNA甲基化模式：
（1）血漿中cfDNA包含來自機體各個組織器官凋亡細胞釋放的DNA。
（2）腫瘤細胞釋放的cfDNA比正常組織細胞更高。
一、cfDNA甲基化檢測技術瓶頸：
對于cfDNA等相對微量且片段化十分嚴重的樣本，常用甲基化檢測主要包括cfMeDIP，微量WGBS技術。應用RRBS檢測的CG位點極為有限，主要原因cfDNA自身就在選擇片段范圍之內，如果片段內CG含量高被酶切，反而更短不被富集，因此可能檢測到的都是CG含量低的區域片段。
追蹤腫瘤的DNA甲基化模式
二、易基因cfDNA-RBS亮點：
為助力低樣本量多維度分析，易基因開發了富集覆蓋CpG島、啟動子、增強子、CTCF結合位點的cfDNA甲基化測序方法——cfDNA-RBS，實現了高靈敏度和樣本復用，使其具有高度可擴展性，并適用于有限的樣本和單個細胞。
易基因建立的cfDNA-RBS技術，僅需10-15G測序數據，DNA建庫起始量低至5ng的cfDNA樣本，可以檢測到的5X位點高達4M以上，是目前腫瘤甲基化標志物檢測研究的優選技術，應用場景包括腫瘤早篩、腫瘤診斷、個性化用藥、實時監控、預后監測等。
易基因科技在DNA甲基化修飾等表觀遺傳檢測領域，積累了一系列國際先進技術，可對高通量DNA甲基化組學研究，包括單細胞、微量和常量DNA甲基化測序，ctDNA、FFPE等嚴重降解痕量DNA甲基化檢測等，提供多種有效解決方案。低成本、高通量的DNA甲基化組學測序技術建立，將為研究者對不同時間和空間的表觀修飾研究奠定基礎。
1）微量細胞或單細胞全基因組甲基化測序（Micro DNA-WGBS）DNA起始量：
單細胞/100-1000個細胞
1ng基因組DNA
90%以上基因組CG覆蓋
2）微量細胞或DNA簡化基因組甲基化測序（Micro DNA-RRBS）DNA起始量：
1ng基因組DNA；
10-20M有效CG位點覆蓋；
10-20G測序數據量；
3）微量cfDNA簡化基因組甲基化測序（cfDNA-RBS）
100ul血漿或1ng cfDNA
10M有效CG位點覆蓋
15-20G測序數據量
四、cfDNA-RBS信息分析
易基因建立的cfDNA-RBS技術，可基于CpG島、啟動子、增強子、CTCF結合位點等區域，實現單堿基分辨率的甲基化位點精準定位，快速準確地找到差異位點，實現高效分析DMR及相關基因的功能分析。
五、不同DNA甲基化檢測技術指標比較
不同DNA甲基化檢測技術CG位點比較
六、cfDNA甲基化臨床研究技術選擇推薦
腫瘤的組織起源決定了其組織特異性的DNA甲基化模式：
（1）血漿中cfDNA包含來自機體各個組織器官凋亡細胞釋放的DNA。
（2）腫瘤細胞釋放的cfDNA比正常組織細胞更高。
腫瘤的表觀遺傳標志物
一、cfDNA甲基化檢測技術瓶頸：
對于cfDNA等相對微量且片段化十分嚴重的樣本，常用甲基化檢測主要包括cfMeDIP，微量WGBS技術。應用RRBS檢測的CG位點極為有限，主要原因cfDNA自身就在選擇片段范圍之內，如果片段內CG含量高被酶切，反而更短不被富集，因此可能檢測到的都是CG含量低的區域片段。
追蹤腫瘤的DNA甲基化模式
二、易基因cfDNA-RBS亮點：
為助力低樣本量多維度分析，易基因開發了富集覆蓋CpG島、啟動子、增強子、CTCF結合位點的cfDNA甲基化測序方法——cfDNA-RBS，實現了高靈敏度和樣本復用，使其具有高度可擴展性，并適用于有限的樣本和單個細胞。
易基因建立的cfDNA-RBS技術，僅需10-15G測序數據，DNA建庫起始量低至5ng的cfDNA樣本，可以檢測到的5X位點高達4M以上，是目前腫瘤甲基化標志物檢測研究的優選技術，應用場景包括腫瘤早篩、腫瘤診斷、個性化用藥、實時監控、預后監測等。
- 癌前病變的癌變預警標志物檢測
- 腫瘤早期篩查標志物檢測
- 腫瘤預后標志物檢測
- 藥物療效預測標志物檢測
WGBS、cfDNA-RBS、RRBS技術位點覆蓋對比
三、技術優勢：易基因科技在DNA甲基化修飾等表觀遺傳檢測領域，積累了一系列國際先進技術，可對高通量DNA甲基化組學研究，包括單細胞、微量和常量DNA甲基化測序，ctDNA、FFPE等嚴重降解痕量DNA甲基化檢測等，提供多種有效解決方案。低成本、高通量的DNA甲基化組學測序技術建立，將為研究者對不同時間和空間的表觀修飾研究奠定基礎。
1）微量細胞或單細胞全基因組甲基化測序（Micro DNA-WGBS）DNA起始量：
單細胞/100-1000個細胞
1ng基因組DNA
90%以上基因組CG覆蓋
2）微量細胞或DNA簡化基因組甲基化測序（Micro DNA-RRBS）DNA起始量：
1ng基因組DNA；
10-20M有效CG位點覆蓋；
10-20G測序數據量；
3）微量cfDNA簡化基因組甲基化測序（cfDNA-RBS）
100ul血漿或1ng cfDNA
10M有效CG位點覆蓋
15-20G測序數據量
四、cfDNA-RBS信息分析
易基因建立的cfDNA-RBS技術，可基于CpG島、啟動子、增強子、CTCF結合位點等區域，實現單堿基分辨率的甲基化位點精準定位，快速準確地找到差異位點，實現高效分析DMR及相關基因的功能分析。
五、不同DNA甲基化檢測技術指標比較
不同DNA甲基化檢測技術CG位點比較
六、cfDNA甲基化臨床研究技術選擇推薦
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