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使用灰度共生矩陣和機器學習技術識別單倍體玉米種子

瀏覽次數(shù):1708 發(fā)布日期:2022-4-11  來源:本站 僅供參考,謝絕轉載,否則責任自負

摘要:雙單倍體(DH)技術在玉米育種中得到了有效的應用。該技術在時間和純合度方面均優(yōu)于傳統(tǒng)玉米育種。 DH技術的重要過程之一是單倍體種子的選擇。選擇單倍體的最常用方法是 R1-nj(納瓦霍)顏色標記。這種顏色標記出現(xiàn)在種子胚乳和胚胎中。僅選擇胚乳有色種子并持續(xù)到發(fā)芽階段。這種選擇通常是手動完成的。單倍體種子選擇的自動化將增加成功率并減少勞動力和時間。在這項研究中,我們使用了 87 個單倍體和 326 個二倍體玉米種子作為數(shù)據(jù)集。使用了玉米種子胚的質地特征。這些特征是從灰度共生矩陣中獲得的。特征向量使用決策樹、k-最近鄰和人工神經網絡進行分類。機器學習技術的分類性能通過使用 10 折交叉驗證方法進行測試。測試結果表明,決策樹的性能最好,分類成功率為84.48%。
 

關鍵詞:玉米;單倍體識別;紋理特征;GLCM;決策樹;kNN;ANN
 

在這項研究中,使用了為之前的工作創(chuàng)建的數(shù)據(jù)集。該數(shù)據(jù)集包括 413 粒玉米種子,共 87 個單倍體和 326 個二倍體。 所有樣品均作為玉米研究所2016年“國家玉米育種研究”項目的一部分收獲。所有樣品均來自RWS、RWK-76和“RWSxRWK-76”母源單倍體誘導劑150個基因型的雜交結果。樣品的選擇在胚胎和胚乳中具有不同的R1-nj表達(淺深色,無密色)。 根據(jù) R1-nj 顏色標記手動完成樣本的類別標簽分配。 圖 1 給出了數(shù)據(jù)集中單倍體和二倍體玉米種子的樣本圖像。
 

圖1.(I)單倍體和(II)二倍體玉米種子的樣本圖像
 

確定在對數(shù)據(jù)集中隨機選擇的80粒玉米種子進行的測量中,統(tǒng)計學上的35像素半徑代表胚孔。圖2顯示了二倍體玉米種子樣本的種子質心和特征提取區(qū)域。
 

圖2.樣品種子、種子的質心和分割的胚區(qū)
 

單倍體和二倍體玉米種子在結構上彼此不同。紋理特征經常用于解決許多不同的模式識別問題。在這項研究中,紋理特征用于分離單倍體和二倍體玉米種子。從數(shù)據(jù)集中,樣品單倍體和二倍體玉米種子胚的圖像已在圖3中給出。
 

圖3.(I)單倍體和(II)二倍體玉米種子的胚胎圖像
 

總共使用了48個紋理特征來表示數(shù)據(jù)集中的每個圖像。帶有邊緣直方圖的數(shù)據(jù)集中樣本的分布如圖4所示。單倍體樣本用藍色強調,而二倍體樣本用橙色突出顯示。可以看出,單倍體和二倍體標本是交織在一起的。這意味著將解決具有挑戰(zhàn)性的分類任務。
 

圖4.考慮總共48個紋理特征的記錄分布

發(fā)布者:北京博普特科技有限公司
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標簽: 雙單倍體 DH
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