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多元變量統(tǒng)計分析平臺最新版軟件SIMCA16教程詳解

瀏覽次數(shù):10097 發(fā)布日期:2021-1-11  來源:http://www.biotree.cn/
之前小編出的教程還是SIMCA14.1的,時隔三年多了,SIMCA已經(jīng)更新到SIMCA16版本了,很多老師買軟件之后都詢問有沒有配套的教程,那么今天小編就告訴大家一個好消息,我們將陸續(xù)針對SIMCA16版本出相應(yīng)的分析教程哦,其中包括常規(guī)的PCA\OPLS-DA\PCA-class\OPLS等,大家盡請期待吧。那么今天小編先給各位老師介紹SIMCA最常用的組學(xué)分析PCA/OPLS-DA分析。

該實驗是使用GC-MS平臺來研究經(jīng)過基因修飾的楊樹的表達(dá)情況,基因修飾發(fā)生在PttPME1基因上,該基因控制果膠甲基酯酶合成(PME)。實驗共分為三組,對照組(WT),PttPME1基因上調(diào)組(2B)和PttPME1基因下調(diào)組(L5)。實驗結(jié)果經(jīng)預(yù)處理后如下表所示:

數(shù)據(jù)導(dǎo)入

 

實驗數(shù)據(jù)經(jīng)過預(yù)處理后,可導(dǎo)入SIMCA軟件進(jìn)行相應(yīng)的分析操作:



首先是PCA模型


這里我們選擇Scaling方式為Ctr,Par和UV也是可以的:

1.Ctr是將原數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化成離原點更近的新數(shù)據(jù),Ctr=x-x拔;

2.UV是將所有變量擁有同等的重要性,UV=x-x拔/SD;

3.Par相比UV更接近原始測量數(shù)據(jù),Par=x-x拔/根號SD;

這里可以根據(jù)數(shù)據(jù)情況選擇合適的Scaling方式。



OPLS-DA分析(以L5 VS WT為例)



為了檢驗OPLS-DA有無過擬合,進(jìn)行隨機(jī)分組200次的置換檢驗。


VIP數(shù)值已導(dǎo)出,按照常規(guī)篩選差異物方法VIP>1 P<0.05,那還需要進(jìn)行Students’t-test分析,獲得P值,SIMCA也可以進(jìn)行相應(yīng)的分析,具體如下:

 

首先開啟Omics skin功能(File-Options-Simca options-Skins-Enable Omics skin-Yes)。



第二步在Omics skin模式下進(jìn)行P值的獲取。




S-plot圖除了常規(guī)篩選差異物方法VIP>1 P<0.05,也可以用S-plot來篩選Biomarkers。



截圖中Ctr或Par方式下是呈S型的,UV是做出來是直線
功能小貼士

在PCA或OPLS-DA得分圖中右擊選擇Format plot即可對圖中的細(xì)節(jié)進(jìn)行修改,各個選項的功能如下:

 

1.Axis選項卡可對橫縱坐標(biāo)軸線條粗細(xì)和顏色、標(biāo)尺字體大小、橫縱坐標(biāo)標(biāo)題內(nèi)容、字體和大小等進(jìn)行修改;

 

2.Gridlines選項卡可對網(wǎng)格線有無、粗細(xì)、顏色等進(jìn)行修改;

 

3.Background選項卡可對背景進(jìn)行修改;

 

4.Legend選項卡可對圖例位置、字體、大小和顏色等進(jìn)行修改;

 

5.Limits and regions可對置信區(qū)間橢圓線條格式、橢圓內(nèi)外區(qū)域顏色等進(jìn)行修改;

 

6.Labels可對圖中樣本標(biāo)簽名稱的字體、大小、顏色、位置和與樣本的距離等進(jìn)行修改;

 

7.Styles可對圖中樣本形狀和顏色等進(jìn)行整理修改。


 

有些老師不想圖中顯示樣本編號,或者樣本名稱太長,顯示不全,可以通過右擊Properties-Label types下進(jìn)行修改。



今天SIMCA16小技能就分享到這里拉,關(guān)于SIMCA16還有其他很多分析功能,例如用SIMCA進(jìn)行火山圖的構(gòu)建、PCA-Class、OPLS、OnPLS等分析,后續(xù)小編會一一給大家介紹哦,我們下期再見。

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