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中海大:測序與芯片揭示miRNA調控海參夏眠機制

瀏覽次數:2745 發布日期:2014-1-15  來源:本站 僅供參考,謝絕轉載,否則責任自負

 海參(Apostichopus japonicus),是生活在海邊至海底8000米的海洋棘皮動物,以海底藻類和浮游生物為食。當夏季來臨,上層海水由于太陽光強烈照射,溫度上升。此時,海底的小生物都浮到海面,進行一年一度的大量求食和繁殖。而留在海底的海參,迫于夏季食物中斷,進入夏眠,此時,其基礎代謝率明顯減退,耗氧和氨氮排泄率下降,甚至嚴重退化為一個很細小的腸纖維。

 

       MiRNAs在低代謝基因調控中的作用研究,是一個新興的熱點。為了確定miRNAs是否對海參夏眠過程具有調控作用,近日,中國海洋大學的陳慕雁博士后領銜的團隊和聯川生物公司科研團隊攜手,對海參夏眠過程中的miRNAs進行了深入研究,研究成果發表在10月刊的PLoS ONE上。

 

       研究人員對深度夏眠至少連續15天狀態的海參采集樣本,并使用經過夏眠后又恢復活動狀態的非夏眠海參為對照樣本。之后,研究人員采用Solexa深度測序技術分析了海參腸miRNA的表達譜,結果一共鑒定出了308個海參miRNAs,包括18個新的海參特異性miRNAs。其中,有42個miRNAs在海參夏眠階段具有表達差異,最突出的miRNAs,包括miR-200-3p, miR-2004, miR-2010, miR-22, miR-252a, miR-252a-3p以及 miR-92,在夏眠與非夏眠階段相比,具有顯著的過表達。差異表達的miRNAs通過miRNA芯片和RT-RCR得到了驗證(miRNA芯片服務由聯川生物完成)。通過預測的miRNA靶基因并進行GO分析表明,這些miRNAs在海參夏眠階段的全轉錄水平抑制以及細胞分化中發揮重要作用。

*Chen M, Zhang X, Liu J, Storey KB.(2013) High-Throughput Sequencing Reveals Differential Expression of miRNAs in Intestine from Sea Cucumber during Aestivation. PLoS ONE15;8(10):e76120.[abstract]

發布者:杭州聯川生物信息有限公司
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標簽: miRNA芯片
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