利用454技術(shù)解析樣本中病毒耐藥突變情況
利用454技術(shù)解析樣本中病毒耐藥突變情況
H7N9是一種甲型流感病毒，是禽流感病毒的一個(gè)亞型，1988年在美國火雞身上有了第一個(gè)病毒記錄。H7N9原本屬于低致病性感冒病毒，經(jīng)基因交換后轉(zhuǎn)移到人類上感染后成為病發(fā)期短、重癥率與死亡率較高的傳染性病毒。自今年3月下旬開始，人類感染甲型流感病毒H7N9的病例陸續(xù)在上海及長江三角洲一帶的城市被發(fā)現(xiàn)。疫情爆發(fā)后，各地疾控中心與政府都采取了積極的應(yīng)對措施，到5月中旬，已基本消除了新增病例。然而研究的步伐仍未停止，科學(xué)家們?nèi)匀辉谘芯坎《净蛑亟M的機(jī)制以及耐藥情況的發(fā)生。目前在臨床上對H7N9的患者主要使用奧司他韋和帕拉米韋進(jìn)行抗病毒治療。為了直觀地解析病毒基因耐藥機(jī)制，測序仍然是主要的選擇。國內(nèi)學(xué)者們在收集病人在治療過程中多個(gè)時(shí)間點(diǎn)的咽拭子、血液、尿液和糞便標(biāo)本，使用自行設(shè)計(jì)的熒光定量RT-PCR方法對上述標(biāo)本中的H7N9 流感病毒核酸載量進(jìn)行了定量檢測，并對其中的十四例患者進(jìn)行了454測序，從而進(jìn)行了病毒載量與病情嚴(yán)重程度的相關(guān)性分析，相關(guān)論文已發(fā)布在2013年5月的柳葉刀雜志中1。
通過對患者標(biāo)本中的HA和NA病毒基因序列進(jìn)行了擴(kuò)增和高通量測序及分析。在病毒基因序列和多態(tài)性的研究發(fā)現(xiàn)，2例重癥病例在抗病毒治療過程中其體內(nèi)H7N9毒株的神經(jīng)氨酸酶（NA）292位氨基酸從R（精氨酸）突變?yōu)镵（賴氨酸）。在上海地區(qū)最早的H7N9病毒（A/Shanghi/1/2013（H7N9））中也發(fā)現(xiàn)存在這一突變，但一直不清楚其臨床意義。本研究結(jié)果將NA 292位氨基酸的R/K突變與臨床治療效果不佳和不良預(yù)后聯(lián)系起來，并表明耐藥的基因突變可以在臨床抗病毒治療過程中被誘導(dǎo)產(chǎn)生。
上述研究結(jié)果，一方面說明抗病毒治療仍對絕大部分患者有效，一旦確診應(yīng)盡早治療，同時(shí)提示在藥物治療前和治療過程中有必要對病毒載量和耐藥基因位點(diǎn)進(jìn)行密切監(jiān)測，及時(shí)調(diào)整治療方案，以提高救治成功率；另一方面，研究結(jié)果也提示有關(guān)衛(wèi)生主管部門對未來可能出現(xiàn)的H7N9耐藥毒株的流行應(yīng)予以高度關(guān)注，采取積極有效的防控策略，鼓勵(lì)新型治療方案的探索，加快新型抗病毒藥物的研發(fā)。
參考文獻(xiàn)：
1. Association between adverse clinical outcome in human disease caused by novel influenza A H7N9 virus and sustained viral shedding and emergence of antiviral resistance.Hu Y, Lu S, Song Z, Wang W, Hao P, Li J, Zhang X, Yen HL, Shi B, Li T, Guan W, Xu L, Liu Y, Wang S, Zhang X, Tian D, Zhu Z, He J, Huang K, Chen H, Zheng L, Li X, Ping J, Kang B, Xi X, Zha L, Li Y, Zhang Z, Peiris M, Yuan Z.Lancet. 2013 May 29. doi:pii: S0140-6736(13)61125-3. 10.1016/S0140-6736(13)61125-3.
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