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目標區域甲基化重測序-WGBS后正確打開方式

瀏覽次數:786 發布日期:2024-8-1  來源:本站 僅供參考,謝絕轉載,否則責任自負
表觀遺傳學(epigenetics)是目前分子生物學研究的熱點之一,DNA甲基化是表觀遺傳學的重要內容,是基因組DNA的主要表觀遺傳修飾形式之一。DNA甲基化修飾對于維持正常細胞功能、傳遞基因組遺傳印記、胚胎發育、衰老以及人類腫瘤發生,起著至關重要的作用。

全基因組甲基化研究方法主要有全基因組甲基化芯片、全基因組甲基化重測序(WGBS)和簡化亞硫酸氫鹽測序技術(RRBS),這些方法其實都有個共同的特點:信息量大,得到差異甲基化區域(DMR)非常多,但是價格昂貴,對個別區域覆蓋度和測序深度不足,可能會導致遺漏或假陽性結果。因此,對這些方法篩選出來DMR,需要做進一步的驗證,在隊列樣本中對目標區域進行甲基化檢測,并分析目標區域與疾病/性狀的關聯,才能進一步為疾病與該DMR的關聯提供流行病學的證據。

Hi-MethylSeq簡介
目標區域甲基化重測序(Hi-MethylSeq),又叫重亞硫酸鹽擴增子測序(Bisulfite Amplicon Sequencing, BSAS)。在前期全基因組甲基化測序、全基因組甲基化芯片等工作基礎上,或者依據文獻報道目的基因甲基化與性狀/疾病關聯,選擇感興趣的目的區間或候選基因,利用Hi-MethylSeq技術對大規模群體的候選基因甲基化水平進行檢測。

Hi-MethylSeq技術通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用多重PCR擴增目的片段,添加barcode和測序通用接頭,在Illumina X10二代測序平臺對PCR產物進行高通量測序,利用生物信息學方法,精確定量計算目標區間內的甲基化位點的甲基化狀態,在完成目標區域檢測的同時大幅降低研究費用。

優勢
Hi-Methylseq結合了亞硫酸鹽轉換、靶向擴增子高通量測序技術,可實現多區段、多位點的甲基化精確定量分析,特別適合隊列樣本目標區域的甲基化分析,測序深度高,結果更加準確。

應用
1、適用于感興趣的目的片段甲基化研究 ;
2、適用于在大樣本中進一步確認全基因組甲基化研究挑選的陽性位點(DMR)。

方向
農口:表觀遺傳學研究、品種鑒定、品種改良
醫口:腫瘤早期診斷、表觀遺傳學生物標志物開發、腫瘤復發的獨立預測因子

全基因組甲基化測序分析獲得DMR后,需要在隊列樣本中進行驗證,翼和Hi-MethylSeq技術是WGBS后續驗證的有力工具。
發布者:上海翼和應用生物技術有限公司
聯系電話:021-33559491
E-mail:jiyn@biowing.com.cn

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