九叔归来3魁蛊婴在线观看_男人躁女人到高潮AV_香港成人论坛_亚洲精品久久久久久偷窥_夜来香成人网_亚洲制服 视频在线观看_无毒黄站_国产传媒18精品A片一区_麻花豆传媒剧国产MV在线观看_东北60岁熟女露脸在线_国产高清视频在线观看97_一道本视频一二三区_yellow免费播放在线观看_浪漫樱花动漫在线观看官网_高清AV熟女一区_天堂在线www_亚洲第一成年人网站_黄色在线免费观看_av女优快播_久久精品99国产精品日本

English | 中文版 | 手機版 企業登錄 | 個人登錄 | 郵件訂閱
當前位置 > 首頁 > 技術文章 > 基于翻譯組學技術揭示小麥籽粒發育過程中的翻譯調控機制

基于翻譯組學技術揭示小麥籽粒發育過程中的翻譯調控機制

瀏覽次數:891 發布日期:2024-6-6  來源:本站 僅供參考,謝絕轉載,否則責任自負
2023年發表在The Plant Cell上的“The translational landscape of bread wheat during grain development”文章,發現了上游開放閱讀框(uORFs)、下游開放閱讀框(dORFs)和長鏈非編碼RNA中的開放閱讀框(lncORFs)等翻譯元件上新的翻譯調控事件。文章主要結論包括:
  • 許多功能基因的翻譯以階段特異性的方式進行調節。
  • 小麥籽粒中廣泛存在的開放閱讀框(ORF)表達活躍。小麥籽粒發育中,上游開放閱讀框(uORFs)作為翻譯調控元件可以抑制或者激活mRNAs的翻譯。uORFs、dORF和microRNAs可協同調節基因翻譯。
 
研究首先對小麥籽粒連續發育階段(開花后5天、10天和15天)的總mRNA(RNA-seq)、多聚體mRNA(Poly-seq)和核糖體保護的mRNA片段(Ribo-seq)進行了高通量測序(Fig. 1A)。為了檢查Ribo-seq文庫質量,對與翻譯過程相關的RFs分布和reads基因組分布等特征進行分析(Fig. 1B)。與RNA-seq和Poly-seq相比,Ribo-seq的reads主要定位于編碼區,UTR區較少(Fig. 1C)。研究對所有樣本進行了基因表達分析、主成分分析(PCA)以及不同發育階段的多聚核糖體譜分析(Poly-seq),發現Poly-seq數據最適合于轉錄豐度的定量,Ribo-seq數據最適合用于揭示ORF的位置,得到的數據集可用于研究小麥籽粒發育過程中的翻譯調控過程(Fig. 1D和E)。

Figure 1. Polysome profiling and ribosome profiling expose translational dynamics during grain development.
 
研究還發現在小麥籽粒發育的不同階段,Ribo-seq、RNA-seq和Poly-seq中可檢測到許多相同的差異表達基因(DEGs),表明3種類型的文庫之間存在高度相關性。研究進一步對這些DEGs的轉錄豐度進行共表達分析,發現了C5和C6在轉錄組和翻譯組之間表達模式不一致,推測翻譯調控可能影響某些基因的表達(Fig. 2A)。研究隨后通過基因GO富集分析來確定差異翻譯基因可能涉及的生物學過程,表明了功能基因在谷物發育過程中受到廣泛的翻譯調控。

Figure 2. Translational dynamics of gene expression during grain development.
 
為了確定與小麥籽粒翻譯調控相關的序列特征,研究比較了mRNAs編碼序列(CDS)、5’UTR和3’UTR區域的序列長度、GC含量和標準化最小自由能(NMFE),發現這些序列特征可能導致了同源序列的翻譯不平衡(Supplemental Fig. S10)。

Supplemental Figure S10. Sequence features of mRNAs change their TSs.
 
研究使用RNA-seq和Ribo-seq數據計算了ORF的翻譯效率(TEs),發現了uORFs可以通過調節mORF豐度影響基因的翻譯效率(Fig. 5A和B)。研究還發現uORFs的Kozak序列并不是保守的(Fig. 5C),而且uORFs的變異可能影響一些具有相似功能的同源基因的翻譯效率。研究使用了基于RNA-seq和Poly-seq數據的翻譯狀態(TSs),在全基因組范圍內預測了miRNA介導的翻譯調控的關系,表明miRNA可能通過抑制翻譯來下調基因表達(Fig. 6A-E)。為了進一步研究miRNAs和uORFs在翻譯水平上對基因表達的協同作用,研究將基因分為4組,結果表明u+m+(存在uORFs和miRNA靶點)組翻譯狀態最低。研究還發現dORFs可能一定程度上增強mRNAs的翻譯,但與miRNA或uORFs之間無顯著協同作用(Fig. 6F)。

Figure 6. Combinatorial regulation of gene expression at the translational level by upstream open reading frames (uORFs), downstream ORFs (dORFs), and microRNAs (miRNAs).
 
小結
研究聯合Ribo-seq、Poly-seq和RNA-seq技術,全面分析小麥籽粒發育過程中的轉錄組和翻譯組,揭示全基因組范圍內的翻譯調控事件。
 
 
 
原文鏈接:https://doi.org/10.1093/plcell/koad075
 
 
發布者:藍景科信河北生物科技有限公司
聯系電話:15632249798
E-mail:hope.liu@bluescape.cc

標簽: Ribo-seq
用戶名: 密碼: 匿名 快速注冊 忘記密碼
評論只代表網友觀點,不代表本站觀點。 請輸入驗證碼: 8795
Copyright(C) 1998-2025 生物器材網 電話:021-64166852;13621656896 E-mail:info@bio-equip.com
主站蜘蛛池模板: 如皋市| 二手房| 江门市| 日喀则市| 维西| 咸阳市| 阳朔县| 曲阜市| 泉州市| 昌江| 惠州市| 黑河市| 新竹县| 盐源县| 休宁县| 共和县| 章丘市| 班玛县| 东阿县| 康马县| 尚志市| 梓潼县| 阿拉善左旗| 土默特右旗| 色达县| 搜索| 奉新县| 石阡县| 柳林县| 高唐县| 新源县| 法库县| 卫辉市| 永善县| 报价| 慈溪市| 凤凰县| 昭苏县| 乌海市| 嵊泗县| 莱阳市|