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使用SBC ToolBox完成時(shí)間序列分析的方法介紹

瀏覽次數(shù):1346 發(fā)布日期:2023-10-11  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)

使用SBC ToolBox云平臺時(shí)間序列分析模塊探索基因集在不同時(shí)間點(diǎn)的表達(dá)趨勢,使用c-means算法對基因集進(jìn)行聚類分群,尋找出表達(dá)趨勢一致的基因集。SBC ToolBox云平臺超快響應(yīng),分分鐘獲取分析結(jié)果。

 

如何使用SBC ToolBox云平臺進(jìn)行時(shí)間序列分析?

 

 

進(jìn)入時(shí)間序列模

 

a) 登錄SBC ToolBox官方網(wǎng)址:

https://www4.shbiochip.com/SBCToolBox/

 

進(jìn)入VIP專區(qū),點(diǎn)擊時(shí)間序列分析模塊即可進(jìn)入App。

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b) 也可以直接登錄站點(diǎn):

https://www4.shbiochip.com/V2023/svip/TSA/

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c) 此模塊僅提供給VIP用戶,已有賬戶直接登錄,沒有賬戶這里可以點(diǎn)擊注冊申請,申請審核通過后會郵件和短信通知VIP注冊用戶。

 

 

實(shí)戰(zhàn)

 

a) 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備(數(shù)據(jù)分析思維->充分認(rèn)識數(shù)據(jù)):

i.定量數(shù)據(jù):無論你的數(shù)據(jù)是RNA定量數(shù)據(jù)、蛋白定量數(shù)據(jù)、代謝定量數(shù)據(jù)、還是其他類型的多特征集多樣本量數(shù)據(jù),時(shí)間序列分析模塊都能完美駕馭。時(shí)間序列模塊所需的定量數(shù)據(jù)一般長這個(gè)樣子;第一列為基因集(特征集),剩余列為樣本(觀測值)對應(yīng)基因集的定量數(shù)據(jù)。

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ii. 分組數(shù)據(jù):無論你的時(shí)間點(diǎn)組內(nèi)數(shù)據(jù)有重復(fù)樣本,還是沒有這里都需要提供,主要用于重復(fù)數(shù)據(jù)在組內(nèi)的集中趨勢評估,分組數(shù)據(jù)示例如下圖。

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1.第一列為樣本信息,樣本信息與定量的樣本信息必須一致。

 

2.第二列為樣本對應(yīng)的分組信息,這里的分組一般是時(shí)間點(diǎn),時(shí)間點(diǎn)的順序決定了展示在時(shí)間序列趨勢上的排列順序。

 

3.示例數(shù)據(jù)詳見應(yīng)用操作指南:

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b) 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備完成,提交分析:

i. 將定量數(shù)據(jù)和對應(yīng)分組上傳或者拖拽至App數(shù)據(jù)上傳接口(下圖紅框),上傳完成顯示Upload complete,提交分析,看到主頁面上的小花花開始轉(zhuǎn)動表示已啟動分析。

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ii.眨眼的功夫,時(shí)間序列分析結(jié)果就展示在你的面前,沒辦法,SBC ToolBox響應(yīng)就是這么迅速。

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iii.分析結(jié)果,默認(rèn)情況下基因集(特征集)在不同時(shí)間點(diǎn)上的表達(dá)趨勢將會被分成16個(gè)Cluster,此處對Cluster數(shù)量不滿意可以隨時(shí)進(jìn)行調(diào)整。橫坐標(biāo)表示時(shí)間點(diǎn)順序,縱坐標(biāo)表示基因集在時(shí)間點(diǎn)上的表達(dá)強(qiáng)度(這里做過中心化(scale)處理)。

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iv.放大Cluster1觀察細(xì)節(jié),Cluster1基因集整體表達(dá)隨時(shí)間變化呈現(xiàn)先上升后輕微下降的趨勢。圖中橫坐標(biāo)展示每個(gè)時(shí)間點(diǎn),一條線代表一個(gè)基因的在時(shí)間點(diǎn)表達(dá)趨勢,黑色的先表示整體的集中表達(dá)趨勢。

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c) 參數(shù)調(diào)整:

i. 注意事項(xiàng)。

時(shí)間序列模塊默認(rèn)會對定量數(shù)據(jù)進(jìn)行l(wèi)og2(x+1)變換,你的數(shù)據(jù)做過標(biāo)準(zhǔn)化預(yù)處理,這里可以下拉菜單選擇“否”取消log2(x+1)變換處理。

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ii. Cluster數(shù)量太多或者太少,這里可以調(diào)整Cluster數(shù)量進(jìn)行設(shè)定重新分析。

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這里重新設(shè)定總共Cluster為9,重新提交分析,將原來的16個(gè)Cluster調(diào)整為9個(gè)Cluster,結(jié)果如上圖所示。

 

iii. 結(jié)果展示行列排列不滿意,這里同樣可以調(diào)整。

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d) 沒有重復(fù)數(shù)據(jù)同樣也可以進(jìn)行時(shí)間序列分析,示例如下:

i.定量數(shù)據(jù)(六個(gè)樣本)示例:

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ii.分組數(shù)據(jù)(將六個(gè)樣本設(shè)置為6組,六個(gè)時(shí)間點(diǎn))示例:

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iii.上傳數(shù)據(jù)提交分析,秒出結(jié)果:

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不同基因集在六個(gè)時(shí)間點(diǎn)上的表達(dá)趨勢。

 

 

結(jié)果保存

 

a) 保存圖片,默認(rèn)保存pdf格式:

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b) 保存基因集數(shù)據(jù),第一列為基因,第二列為基因集對應(yīng)Cluster,剩余列為基因中心化后的數(shù)據(jù),此文件可用于ggplot展示。

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教你使用SBC ToolBox

一鍵完成趨勢線圖展示美化

 

a) 登錄平行坐標(biāo)圖模塊

官方網(wǎng)址:

https://www4.shbiochip.com/SBCToolBox/

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b) 準(zhǔn)備數(shù)據(jù)

i. 將時(shí)間序列數(shù)據(jù)分成兩個(gè)文件:

1.基因?qū)?yīng)時(shí)間點(diǎn)表達(dá)強(qiáng)度文件,這里只需要刪除時(shí)間序列結(jié)果中的cluster列即可。

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2.基因集對應(yīng)Cluster文件,這里只需要保存時(shí)間序列結(jié)果中基因和基因?qū)?yīng)Cluster列即可。

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c) 上傳時(shí)間序列分析數(shù)據(jù)并提交分析,你就可以得到基于ggplot包的可視化結(jié)果,基于sci的顏色搭配,讓你的數(shù)據(jù)展示更上一層樓。數(shù)據(jù)結(jié)果嗖的一下就能完成,立等可取。

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d) 這里可以調(diào)整時(shí)下熱門暗黑主題。

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手里有數(shù)據(jù)不要慌,使用SBC ToolBox開啟你的數(shù)據(jù)分析之旅,讓數(shù)據(jù)分析so easy。

發(fā)布者:上海生物芯片有限公司
聯(lián)系電話:400-100-2131
E-mail:marketing@shbiochip.com

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