研究結(jié)果
1. CLE患者的皮損病灶和非皮損皮膚組織進行scRNA-seq發(fā)現(xiàn)皮膚細胞群和免疫細胞群占比差異
一共28個樣本進行單細胞轉(zhuǎn)錄組測序，最終捕獲檢測46,540個細胞，平均基因數(shù)為2,618 個/細胞，平均轉(zhuǎn)錄本數(shù)為11,645個/細胞，分組包括：皮損病灶（lesional，L）、非皮損皮膚組織（nonlesional，N）和健康對照皮膚（healthy，H）。一共注釋10種主要細胞類型，包括角質(zhì)化細胞（keratinocytes，KCs）和髓系細胞，都顯著在CLE患者皮膚中的聚集。細胞組成分析顯示，與H組對比，L組和N組中髓系細胞的比例都有所增加。
 

3. scRNA-seq發(fā)現(xiàn)在CLE患者中富集的成纖維細胞亞型且該細胞群表現(xiàn)出強烈的干擾素反應特征
基于分組對比，發(fā)現(xiàn)只有成纖維細胞（fibroblast，F(xiàn)B）中的亞簇4在狼瘡患者中占主體。根據(jù)已報道的皮膚FB標記基因，對成纖維細胞亞簇進行歸類注釋，分別為：分泌型卷曲相關(guān)蛋白2 （SFRP2）⁺ 、XI膠原型α1鏈 （COL11A1）⁺ 、分泌型卷曲相關(guān)蛋白4 （SFRP4）⁺ FB，除此外還有高表達 COL26A1 和RAMP1（受體活性修飾蛋白，（RAMP1）⁺ FBs）的細胞群。同樣針對FBs亞群其細胞因子模式進行分析，并通過小提琴圖展示，結(jié)果顯示IFN-FBs中特異性表達IFN-α和IFN-γ，且這種顯著的干擾素基因改變僅在CLE患者皮膚特定的亞簇中出現(xiàn)。
 

5. CLE患者的皮損病灶和非皮損皮膚組織中髓系細胞亞群的主要變化
本文還評估了髓系細胞，作為皮膚中另一種主要的免疫細胞。通過亞簇聚類和注釋，鑒定了9個具有顯著不同標記基因的髓系細胞亞群。健康對照皮膚和狼瘡患者皮膚進行對比，CD16⁺ DCs是差異顯著的細胞群之一。與健康皮膚相比，CLE患者的非皮損組織和皮損病灶組織中CD16⁺ DC豐度占比更顯著。在健康對照皮膚中（H組），cDC2Bs占髓系細胞的近一半（47%）；這與CLE患者非皮損組織有很大不同，N組中pDCs占主導地位（41%）。相對于cDC2Bs，CD16⁺ DC在Toll樣受體刺激下也表現(xiàn)出分泌炎性細胞因子的能力增強。因此，狼瘡患者D16⁺ DC的擴增和功能增強可能促進發(fā)病機制。
 

6. 配體-受體分析顯示紅斑狼瘡患者中預測細胞相互作用主要涉及 CD16⁺ DC
在鑒定了細胞群體后，本文使用了CellPhoneDB分析性患者皮膚中細胞間通訊。所有組織包括：健康對照（H組），非皮損組織（N組）和皮損病灶（L組）均進行了配體受體討論。在H組中，有比較少的配受體對，其中最強的是KCs-KCs配受體對。相比之下，N組表現(xiàn)出更多的相互作用，F(xiàn)Bs是主要的配體表達細胞類型，髓系細胞和內(nèi)皮細胞（endothelial cells，EC）也具有高度的相互作用。L組中髓系細胞和EC在相互作用中最為突出。

初步結(jié)果可發(fā)現(xiàn)N組中有比較密集的相互作用，因此選取N組構(gòu)建了網(wǎng)絡圖進一步分析。KCs基底狀亞群表達的配體和內(nèi)皮細胞受體關(guān)聯(lián)，這表明KCs可能涉及免疫細胞浸潤組織的機制。IFN-FBs是所有細胞亞群中活性最高的。然而，無論是配體還是受體CD16⁺ DC都有最多的配受體對，CD16⁺ DC顯示富集出很多的相互作用，涉及IFN-FBs、T_ph/T_fh細胞和cDC2B細胞。pDCs相對惰性，很少參與L-R對，這與最近文獻報道稱SLE皮膚中pDCs衰老表型的結(jié)論一致。
 

7. 空間轉(zhuǎn)錄組測序和scRNA-seq整合分析提供在患者皮膚中細胞互作的的空間架構(gòu)
本文通過空間轉(zhuǎn)錄組檢測到632個spots（檢測位點），每個spot平均檢測出3704個基因和10176個轉(zhuǎn)錄本。大多數(shù)在表皮下和毛囊周圍區(qū)域spots具有高的免疫細胞特征。FBs亞群IFN-FB顯示顯著定位在真皮淺層。朗格漢斯細胞（Langerhans cells，LC）特征的spots僅分布在表皮和毛囊上皮。pCDs得分高的spots主要分布在毛囊周圍真皮中。CD16⁺ DC得分高的spots在真皮淺層最密集。結(jié)合以上結(jié)果，再次表明濾泡間上皮的基底狀KCs形成富含IFN皮膚的環(huán)境可以調(diào)節(jié)這些

CD16⁺ DC。