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PEAKS DB蛋白質(zhì)質(zhì)譜數(shù)據(jù)搜庫功能介紹

瀏覽次數(shù):2298 發(fā)布日期:2023-4-10  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)
自下而上的蛋白質(zhì)組學(xué)(LC-MS/MS)是當(dāng)今許多蛋白質(zhì)研究的基礎(chǔ)。對(duì)于肽段碎片數(shù)據(jù)的解析有多種算法。一般的算法通過比較實(shí)驗(yàn)檢測(cè)到的碎片離子列表和從蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫中獲得的理論碎裂,基于概率的匹配來鑒定肽段。PEAKS DB在進(jìn)行蛋白鑒定時(shí)集成了數(shù)據(jù)庫搜索和從頭測(cè)序。因此,它提供了完整的多肽鑒定,包括各種修飾,突變和未報(bào)道過的多肽。

功能特點(diǎn)
  • 基于LC-MS/MS數(shù)據(jù)的搜索引擎
  • 未知翻譯后修飾搜索及分析
  • 序列突變搜索
  • 與從頭測(cè)序整合
  • 支持CID, HCD, ETD/ECD, EThcD、EAD等多種碎裂模式

靈敏度和準(zhǔn)確度
PEAKS DB是基于sequence tag的搜庫算法,保證了鑒定的準(zhǔn)確性和靈敏度。獨(dú)特的“decoy-fusion”為PEAKS DB提供了非常準(zhǔn)確的錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率(FDR)評(píng)估方法。這說明PEAKS DB是一種更加準(zhǔn)確、更加靈敏的蛋白鑒定搜索引擎。
 

PEAKS DB可以自動(dòng)地對(duì)蛋白鑒定的結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析,并在Summary Page中顯示統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)。用戶可以在工作流的參數(shù)設(shè)置中通過指定的FDR輕松地過濾數(shù)據(jù)庫搜索結(jié)果。

結(jié)果可視化
PEAKS 一直以其卓越的結(jié)果可視化而聞名。除了以上所述的總覽視圖,用戶還可以從不同角度方便地查看蛋白質(zhì)鑒定結(jié)果。 
特別是,蛋白質(zhì)覆蓋視圖(Protein Coverage View)為用戶提供了非常有用的信息,包括在一個(gè)蛋白中鑒定到的所有多肽,同時(shí)多肽的修飾位點(diǎn)信息和序列突變均會(huì)以高亮的字符顯示。
當(dāng)用戶點(diǎn)擊其中一條鑒定的多肽,PEAKS可以提供肽譜匹配的注釋信息,同時(shí)當(dāng)鼠標(biāo)在氨基酸殘基上移動(dòng)時(shí),相應(yīng)支持的碎片離子信息會(huì)在譜圖實(shí)時(shí)顯示。

de novo sequencing結(jié)果整合
傳統(tǒng)的搜索引擎的假設(shè)是,數(shù)據(jù)庫中包括了我們樣品中的蛋白質(zhì)的序列信息,但是,實(shí)際上很多我們關(guān)心的重要蛋白質(zhì),例如單抗,并不包含在任何常用數(shù)據(jù)庫中。所以這種搜庫策略的缺陷在于,搜庫得到的蛋白最多可以盡可能匹配用于檢索的數(shù)據(jù)庫,但是當(dāng)數(shù)據(jù)庫本身不完整的時(shí)候,就會(huì)造成大量的多肽不能被鑒定或者鑒定錯(cuò)誤。
整合了de novo sequencing 的PEAKS DB,能夠提供更為完整的肽段的鑒定,而不依賴于多肽是否存在于數(shù)據(jù)庫中。

 


Reference
Tran NH, Qiao R, Xin L, Chen X, Liu C, Zhang X, Shan B, Ghodsi A, 
Li M. Deep learning enables de novo peptide sequencing from  data-independent-acquisition mass spectrometry. Nature Methods. 16(1), 63-66. 20/12/2018.

 
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發(fā)布者:百蓁生物科技(上海)有限公司
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