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定量分析ChIP-qPCR數據的方法:Percent Input法和富集倍數法步驟介紹

瀏覽次數:4779 發布日期:2023-2-22  來源:本站 僅供參考,謝絕轉載,否則責任自負
ChIP-qPCR 數據需要針對可變性來源進行標準化,包括染色質數量、免疫沉淀的效率(富集效率)和 DNA 回收率。
 
兩種常用的標準化 ChIP-qPCR 數據方法——Percent Input法和富集倍數法(Fold Enrichmen)。與input相關的ChIP-qPCR數據包括ChIP的背景水平和input染色質的標準化。建議ChIP 實驗重復,盡可能將結果與背景信號和標準誤差一起顯示。
 
Percent Input
使用這種方法,從ChIP獲得的信號除以從input樣本中獲得的信號。input樣本代表ChIP中使用的染色質數量。通常1%的起始染色質用作input。

 

示例:計算input百分比

注意:如果起始input為1%,則從稀釋input的Ct值中減去100或6.644 cycles(100的log2)的稀釋因子(DF)。
 
 

富集倍數法
這種標準化方法也稱為“背景信號”或“相對無抗體對照”。該方法將ChIP 信號除以無抗體信號,將ChIP信號表示為信號相對于背景信號的倍數增加。該方法建立在背景信號的水平在不同的引物組、樣品和重復實驗間可重復的假設上。背景信號水平在引物組、樣品和實驗之間有所不同。
發布者:深圳市易基因科技有限公司
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