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如何使siRNA在保持特異性的同時有效降低脫靶效應?

瀏覽次數:1764 發布日期:2022-11-24  來源:本站 僅供參考,謝絕轉載,否則責任自負

小刀最近在準備講座(名稱:siRNA實驗操作小技巧),這不整理不知道,一整理嚇一跳。那句話怎么說來著?越是看習慣了的東西,便越是習焉不察,美丑都難看出。


你別看siRNA的身材小,其中蘊含的奧秘可一點也不少。那么,我們就一起走進siRNA,深度探討19bp微觀世界里的那些事兒。


我們知道脫靶效應自2003年發表以來,一直是限制siRNA特異性的關鍵因素,影響其在功能基因組學和疾病治療領域的應用。因此,如何使siRNA在保持特異性的同時減少脫靶效應,是各大廠商共同努力的目標。Dharmacon siRNA創新性的疊加3種技術——SMARTselection™技術、SMARTpool®技術、ON-TARGETplus™雙鏈修飾技術,全方面提升siRNA的表現性能,同時保證防脫靶效率>90%。


SMARTselection™特殊設計算法
1. 種子域頻率分析:調整反義鏈種子域序列排布,生成低頻種子域siRNA,從而減少miRNA-like脫靶效應



圖1 siRNA序列在第1位、第8-19位堿基保持一致,僅改變第2-7位種子域序列


2. SMARTselection™篩選器:針對一個基因設計多對不同的siRNA,將驗證得到的效果最優的4對siRNA投放到產品中,確保siRNA的功能性和特異性



圖2 同一基因的4對siRNA靶向不同作用位點


創新性SMARTpool® 技術
1. 將4對siRNA等比例mix形成pool,有效降低單對siRNA引起的脫靶效應

2. 確保高水平的靶向基因沉默效率:保證每個基因提供的4對siRNA中至少有3對有≥75%的靶基因沉默效率



圖3 SMARTpool能有效減少單對siRNA引起的脫靶效因,同時保持高水平的靶向基因沉默


ON-TARGETplus™雙鏈修飾技術
1. 全方面減少脫靶效應:
1) 正義鏈第1、2堿基處進行化學修飾,有效防止正義鏈進入RISC,降低正義鏈引起的脫靶效應
2) 反義鏈第2堿基處進行化學修飾,提高反義鏈判別能力,最大程度減少反義鏈脫靶



圖4 脫靶效應主要由反義鏈種子域活動引起,單獨修飾正義鏈無法減少脫靶效應,雙鏈修飾可最大程度減少脫靶效應


2. 保證最優的靶向基因沉默效率:有效抑制miRNA-like作用,大幅提高siRNA的靶向敲低作用



圖5 雙鏈修飾抑制正義鏈活動,提高反義鏈判別能力


3. 抑制假陽性顯型出現:有些siRNA會在短期實驗中引起細胞生長抑制,從而影響靶向基因沉默效率,ON-TARGETplus™修飾能夠有效減少生長抑制,同時保證靶向基因沉默效果



圖6 在乳腺癌細胞系中研究沉默ARPC1B基因對細胞遷移的影響:均一地刮取單層細胞,評估細胞遷移愈合刮口的速度,未修飾的siRNA假陽性顯型明顯,而ON-TARGETplus™修飾能夠有效抑制該現象


綜上,Dharmacon siRNA可提供人、小鼠、大鼠全基因組范圍內的預制siRNA,搭配SMARTselection™、SMARTpool®、ON-TARGETplus™三大技術,為大家帶來更好的siRNA用戶體驗。

發布者:上海優寧維生物科技股份有限公司
聯系電話:4008-168-068
E-mail:hezq@univ-bio.com

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