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SCIENION高精度噴點(diǎn)設(shè)備在生成高多樣性液滴文庫(kù)中的應(yīng)用

瀏覽次數(shù):1919 發(fā)布日期:2022-2-14  來(lái)源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)


微流控技術(shù)的應(yīng)用,包括組合化學(xué)合成、DNA編碼文庫(kù)和大規(guī)模多重PCR,需要由許多封裝在單獨(dú)液滴中的試劑組成的液滴文庫(kù)。然而,現(xiàn)有的生成它們的方法既費(fèi)力又不切實(shí)際。這里描述了一種使用標(biāo)準(zhǔn)化噴點(diǎn)設(shè)備的自動(dòng)化方法。該方法可以在微流控設(shè)備手動(dòng)操作的一小部分時(shí)間內(nèi)控制乳化數(shù)百種不同的試劑,且無(wú)需任何用戶干預(yù)。我們證明,由spotter產(chǎn)生的液滴與微流體產(chǎn)生的液滴具有相似的均勻性,并在約4h內(nèi)自動(dòng)生成含有192種不同試劑的約2mL乳液。它可以很容易地生成高度多樣性的液滴庫(kù),這將使組合應(yīng)用在液滴微流控中更加可行。此外,該儀器作為一個(gè)自動(dòng)液滴發(fā)生器,允許在沒(méi)有微流控專(zhuān)業(yè)知識(shí)的情況下執(zhí)行液滴反應(yīng)。

液滴微流體使用微米級(jí)油包水乳液,以高通量和最少的試劑進(jìn)行分析。這些特性使得傳統(tǒng)的基于移液管的液體處理難以或不可能應(yīng)用。液滴微流控技術(shù)最成功的應(yīng)用是高通量生物測(cè)定法,它可以分析大量的離散成分,如DNA分子、功能化b eads或細(xì)胞。例如,在酶篩選中,樣本可以由表達(dá)文庫(kù)變體的微生物組成,而在單細(xì)胞基因組學(xué)中,樣本可以由具有獨(dú)特分子特征的細(xì)胞組成。在此類(lèi)應(yīng)用中,含有不同離散成分但試劑條件一致的液滴允許高通量定量分析。例如,統(tǒng)一的催化測(cè)量可以根據(jù)活性對(duì)酶變體進(jìn)行評(píng)分,而統(tǒng)一的反應(yīng)條件可以對(duì)數(shù)千個(gè)不同的單細(xì)胞t轉(zhuǎn)錄體進(jìn)行編碼和排序。然而,其他應(yīng)用要求液滴內(nèi)的試劑也發(fā)生變化。例如,組合化學(xué)通過(guò)在不同組合中混合一組固定的輸入反應(yīng)物來(lái)合成化學(xué)庫(kù)。類(lèi)似地,藥物篩選針對(duì)模型系統(tǒng)單獨(dú)或組合測(cè)試數(shù)百種化合物,以獲得所需的反應(yīng)。這種組合應(yīng)用將大大受益于液滴微流體的速度和效率,但由于快速生成不同試劑液滴庫(kù)的困難而受到限制。


生成液滴庫(kù)的常用策略是按順序乳化每種溶液并匯集產(chǎn)品。然而,當(dāng)手動(dòng)執(zhí)行時(shí),該方法僅適用于少量試劑。自動(dòng)乳化更具可擴(kuò)展性,但需要與微流控設(shè)備接口的定制機(jī)器,而微流控設(shè)備在技術(shù)上具有挑戰(zhàn)性。這兩種方法都受到一個(gè)速度的限制,污染是一個(gè)主要問(wèn)題,因?yàn)樗腥芤憾加赏粋(gè)設(shè)備乳化。并行裝置通過(guò)在其自身的滴液器中乳化每種溶液來(lái)避免污染,而且速度更快,因?yàn)橛袛?shù)百種裝置可以同時(shí)運(yùn)行。然而,并行裝置很難設(shè)計(jì)、制造和操作,并且容易因制造不完善或灰塵堵塞某些滴落器而發(fā)生故障。合成的乳液通常缺少庫(kù)中的關(guān)鍵試劑,并且含有大的、多分散的液滴,因此不適合進(jìn)一步使用。因此,從數(shù)百種不同試劑中生成單分散液滴庫(kù)仍然是將液滴微流體應(yīng)用于組合應(yīng)用的主要障礙。
 


圖1。自動(dòng)液體處理和分配,使用商用空氣滴式打印機(jī)生成單分散液滴庫(kù)。(a)通過(guò)在三步循環(huán)中操作打印機(jī)的毛細(xì)管?chē)娮欤瑢?duì)每個(gè)樣品進(jìn)行乳化。1.噴嘴移動(dòng)到清洗盤(pán),噴嘴中先前的內(nèi)容物被彈出;2.噴嘴移動(dòng)到樣品板上,吸入幾微升樣品;3.噴嘴移動(dòng)到油浴中,將液滴噴射到油浴中,然后移動(dòng)到清洗盤(pán)。(b)以這種方式生成的液滴庫(kù)是單分散的,類(lèi)似于微流控裝置生成的液滴庫(kù)。

在這篇文章中,我們描述了一種簡(jiǎn)單而快速的生成高多樣性液滴庫(kù)的方法。我們的方法使用Scienion SciFlexArrayer,一種設(shè)計(jì)用于將液滴打印到固體基底上的儀器。相反,我們使用它將液滴分配到一個(gè)表面活性劑負(fù)載的油浴中,從而生成穩(wěn)定的單分散液滴。由于該儀器是為商業(yè)用途而設(shè)計(jì)的,因此它具有生成庫(kù)的吸引人的功能,包括與微孔板吸樣區(qū)的自動(dòng)對(duì)接和換樣時(shí)噴頭表面的嚴(yán)格清洗。壓電液滴發(fā)生器是可控的,允許產(chǎn)生50至800 pL的液滴體積。它的速度很快,可產(chǎn)生高達(dá)500 Hz的單分散液滴,因此只需幾小時(shí)即可產(chǎn)生數(shù)百種試劑的數(shù)百萬(wàn)液滴。液滴生成是按需進(jìn)行的,允許定義最終庫(kù)中每種試劑的準(zhǔn)確比例。該儀器還可以執(zhí)行通常需要微流控設(shè)備和相關(guān)專(zhuān)業(yè)知識(shí)的分析。作為一個(gè)例子,我們使用它來(lái)進(jìn)行數(shù)字PCR,盡管其他用于酶篩選、單細(xì)胞分析和分析物定量的分析是可行的。這種生成高多樣性液滴庫(kù)方法的速度、可靠性和易用該使組合應(yīng)用程序更容易使用。

我們使用這種方法來(lái)執(zhí)行數(shù)字液滴PCR(ddPCR),這是一種普遍存在且重要的應(yīng)用,通常需要微流體。進(jìn)行液滴分析時(shí)的一個(gè)重要考慮因素是不同溶液的流體性質(zhì)對(duì)液滴生成的影響。當(dāng)使用我們的標(biāo)準(zhǔn)參數(shù)為ddPCR生成液滴時(shí),我們發(fā)現(xiàn)平均直徑相對(duì)于水滴增加了23%,變異系數(shù)為4.4%。如果需要,可以通過(guò)調(diào)整生成參數(shù)(例如脈沖幅度和寬度),將不同成分的液滴調(diào)整到所需的尺寸。在我們的ddPCR分析中,我們使用ΦX174病毒作為示例靶標(biāo),產(chǎn)生不同濃度的液滴來(lái)表征動(dòng)態(tài)范圍和準(zhǔn)確性。與陰性對(duì)照組相比,當(dāng)病毒存在時(shí),我們觀察到熒光液滴(圖4d),獲得對(duì)應(yīng)于陰性液滴和陽(yáng)性液滴的雙峰分布(圖4e)。因?yàn)槲覀円杂邢尴♂尪妊b載病毒,所以封裝遵循泊松統(tǒng)計(jì)。我們使用泊松估計(jì)器將每個(gè)液滴的DNA分子數(shù)量與陽(yáng)性液滴的百分比聯(lián)系起來(lái)(圖4f)。這表明,使用SciFlexArrayer進(jìn)行的ddPCR與使用常規(guī)微流體進(jìn)行的反應(yīng)類(lèi)似。此外,它還說(shuō)明了這種方法在沒(méi)有微流控專(zhuān)業(yè)知識(shí)的情況下進(jìn)行液滴反應(yīng)的前景。

 
圖4。微滴文庫(kù)中封裝的寡核苷酸的擴(kuò)增。(a)一個(gè)由192個(gè)Barbodes序列中的一個(gè)組成的寡核苷酸庫(kù)被封裝在液滴中,該序列兩側(cè)是恒定區(qū)域。(b)乳液中液滴尺寸分布的直方圖。(c)通過(guò)針對(duì)恒定區(qū)域的引物擴(kuò)增封裝的寡核苷酸。DNA電泳圖證實(shí)了大小合適的cDNA。(d)在明場(chǎng)和熒光中用數(shù)字液滴PCR試劑共同封裝的ΦX174 DNA的顯微照片,用于不含任何ΦX174 DNA的乳液,其中ΦX174 DNA預(yù)計(jì)存在于30%的液滴中。(e)30%陽(yáng)性乳劑液滴內(nèi)熒光強(qiáng)度直方圖。(f) 泊松估計(jì)λ作為正液滴p百分比的函數(shù),具有疊加回歸。

SCIENION
SCIENION成立于2001年,總部坐落于德國(guó)柏林,是一家專(zhuān)注于在超低液量噴點(diǎn)技術(shù)方面的全球性設(shè)備制造商。至今已成為pl;nl級(jí)超微量噴點(diǎn)市場(chǎng)的領(lǐng)先企業(yè),包括單細(xì)胞噴點(diǎn)。SCIENION開(kāi)發(fā)和制造的技術(shù)能夠?qū)崿F(xiàn)高精度噴點(diǎn),應(yīng)用范圍包括用于糖尿病監(jiān)測(cè)的生物傳感器POC、微陣列、診斷學(xué)、化合物處理和高通量單細(xì)胞基因組學(xué)。其儀器、消耗品和定制產(chǎn)品組合方案服務(wù)均在德國(guó)生產(chǎn)及提供,并在全球銷(xiāo)售和交付。
發(fā)布者:Scienion GmbH
聯(lián)系電話:18621709292
E-mail:n.sun@scienion.com

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