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PCR Efficiency在線分析工具在預(yù)測(cè)PCR擴(kuò)增效率的使用

瀏覽次數(shù):2992 發(fā)布日期:2021-7-30  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)

目前已開發(fā)多種工具可以進(jìn)行PCR引物的設(shè)計(jì),但大多數(shù)工具只考慮避免發(fā)夾結(jié)構(gòu)形成、3'末端核苷酸的選擇、引物解鏈溫度等問題,并沒有考慮內(nèi)在擴(kuò)增子的特征以及沒有預(yù)測(cè)給定擴(kuò)增子和引物對(duì)的PCR擴(kuò)增效率。
 

Izaskun Mallona等人[1]使用了一種基于90個(gè)引物對(duì)組合的統(tǒng)計(jì)方法,擴(kuò)增來自細(xì)菌、酵母、植物和人類的模板,擴(kuò)增子大小在74到907bp 之間,以確定影響PCR效率的參數(shù)。最終開發(fā)了一個(gè)擬合數(shù)據(jù)的廣義加法模型,并構(gòu)建了PCR Efficiency在線分析工具(http://130.60.24.89/efficiency.html),允許從給定序列開始獲得針對(duì)PCR 優(yōu)化的寡核苷酸,并可以預(yù)測(cè)出擴(kuò)增效率。
 


 

有個(gè)這款小工具,還怕做不好PCR實(shí)驗(yàn)嗎?現(xiàn)在快快試用我們的數(shù)字PCR系統(tǒng)和實(shí)時(shí)熒光定量PCR系統(tǒng),你們就知道預(yù)測(cè)工具好不好用了。
 

naica®微滴芯片數(shù)字PCR系統(tǒng)
 

naica®微滴芯片數(shù)字PCR系統(tǒng),以Sapphire芯片(全自動(dòng))或Opal(高通量)芯片為耗材,形成由25,000-30,000個(gè)微滴組成的單層二維陣列,該單層微滴陣列形成后直接進(jìn)行PCR擴(kuò)增實(shí)驗(yàn)。反應(yīng)完成后對(duì)微滴進(jìn)行三通道成像,從而對(duì)起始核酸濃度進(jìn)行絕對(duì)定量。僅需2.5小時(shí)即可獲取結(jié)果。

 


Azure Cielo™實(shí)時(shí)熒光定量PCR系統(tǒng)
 

Azure Cielo™實(shí)時(shí)熒光定量PCR系統(tǒng)來自于美國(guó)Azure Biosystems公司,配備高品質(zhì)溫度模塊,采用光纖和CMOS的檢測(cè)系統(tǒng),高能LED的激發(fā),提供高靈敏和可靠的數(shù)據(jù)。
 

 

參考文獻(xiàn):

[1] Izaskun M ,  Julia W ,  Egea-Cortines M . pcrEfficiency: a Web tool for PCR amplification efficiency prediction[J]. BMC Bioinformatics, 2011, 12(1):404.

發(fā)布者:艾普拜生物科技(蘇州)有限公司
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標(biāo)簽: PCR qpcr 定量PCR 熒光定量PCR
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