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Nature Genetics:連接非編碼突變和腫瘤基因表達的轉錄組全網絡

瀏覽次數:4542 發布日期:2018-4-16  來源:本站 僅供參考,謝絕轉載,否則責任自負

腫瘤基因組中充滿了非編碼突變,這些突變對腫瘤的影響研究還不是很清晰。加州大學圣地亞戈分校的科學家Wei Zhang and Ana Bojorquez-Gomez,Trey Ideker,在最近國際頂級期刊Nature Genetics發表文章 A global transcriptional network connecting noncoding mutations to changes in tumor gene expression。

作者對930個腫瘤全基因組和匹配轉錄組進行綜合分析,確認了193個非編碼位點會影響腫瘤基因表達。這些‘體細胞eQTL’(表達數量性狀基因座)在特定的癌癥組織中經常發生突變,大多數基因可以在3,382個獨立的腫瘤隊列中被驗證。其中,他們發現非編碼突變對dam 1、mtg 2和hyi轉錄的影響尤其重要。在多個癌細胞株中,DAAM 1表達的增加導致細胞侵襲性遷移。

作者進行此項研究的主要研究手段及樣本量如下:

體細胞eQTL(表達數量性狀基因座)的效應大小和重現性Wes全自動定量western blot定量檢測本研究關鍵蛋白DAAM1。同一樣本,同一體系,內參蛋白Tubulin和靶蛋白DAAM1同時檢測,定量更客觀準確。

發布者:ProteinSimple
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