瓊脂糖凝膠使用染料染色的方法主要分為膠染法（電泳前染色）​和泡染法（電泳后染色）​，具體操作及注意事項如下： 一、染色方法分類與原理

1. ​膠染法
   在制膠階段將染料加入瓊脂糖溶液，使染料均勻嵌入凝膠孔隙中。染色與電泳同步完成，適用于快速檢測，但可能略微減緩DNA遷移速度。
   ​原理：染料通過電荷作用與DNA結合，紫外激發下發出熒光，靈敏度可達50pg DNA。
2. ​泡染法
   電泳完成后將凝膠浸泡于染色液中，適用于對DNA遷移影響敏感的實驗（如大片段分離）。染色時間需根據凝膠厚度調整（通常30-60分鐘）。
   ​原理：染料滲透至凝膠內部與DNA結合，背景信號更低，適合低豐度樣本檢測。

二、操作步驟
1. 膠染法（以GelRed為例）

• ​制膠階段：
  將10,000×染料儲液按終濃度1×加入熔化瓊脂糖溶液（如50mL膠液加5μL染料），搖勻后倒膠。
• ​電泳參數：
  電壓≤10V/cm（大片段需更低電壓），溴酚藍遷移至膠前沿1cm時停止。

2. 泡染法（以YeaRed為例）

• ​染色液配制：
  用0.1M NaCl稀釋10,000×染料至3×濃度（如15μL儲液+50mL NaCl溶液）。
• ​染色操作：
  將凝膠浸入染色液，室溫振蕩30分鐘，隨后用去離子水脫色5分鐘。

四、注意事項

1. ​安全性防護：
   • EB需在通風櫥操作，廢棄染料按生物危險品處理。
   • 低毒染料（如GelRed）仍需戴手套，避免皮膚接觸。
2. ​實驗細節優化：
   • 凝膠完全凝固后再染色，否則條帶模糊。
   • 染色時間過長會導致DNA降解，建議薄膠（≤5mm）縮短至15分鐘。
3. ​染料選擇建議：
   • 高靈敏度需求：SYBR Gold（檢測限20pg）或YeaRed（100pg）。
   • 教學實驗：GelRed（兼容可見光成像）或亞甲基藍（無需紫外燈）。

五、常見問題與解決

• ​條帶彌散：DNA降解或電泳緩沖液陳舊，建議更換新鮮試劑。
• ​加樣孔熒光：蛋白質殘留或基因組DNA滯留，需優化樣品純度。
• ​遷移速度異常：檢查染料濃度或電壓設置，適當降低電壓（如4-5V/cm）。

總結
瓊脂糖凝膠染色方法的選擇需平衡靈敏度、安全性和實驗需求。膠染法適合快速檢測，泡染法適用于高分辨率分析。推薦優先使用低毒染料（如達遠辰光RedView、SYBR Safe、GelRed），并嚴格遵循操作規范以保障結果可靠性。