1、樣本處理
如是-20°C冷凍保存的樣本，有實驗安排時提前拿出血樣，解凍至室溫，過冷或結塊會影響裂解效果。

2、裂解結合
在裂解過程中，要按照說明書上進行操作，不同的上樣量對應不同的試劑體系，上樣量過多過少都會影響裂解的效果。以領駿生物開發的全血基因組DNA提取試劑（磁珠法）為例，上樣量為200ul，配合的裂解液用量為400ul，這樣的搭配為最佳。無論是手工操作還是上機，不可避免有人為因素，加樣過程中就要統一動作、快速并準確加樣，以此減少誤差。由于有些客戶的實驗，需要高產量，他們就會慣性的認為，等比例加大試劑就可以。其實是不是這樣的，在實際操作中，不能簡單的放大裂解體系，需要根據裂解液對樣品裂解效率進行優化，將上樣體積濃縮后，才可進行磁珠法操作流程的優化。

3、洗滌
樣本經過裂解之后，在洗滌過程中，磁珠結團是經常遇到的現象，尤其手工操作時，這是由磁珠本身特性和磁珠所處試劑環境兩方面造成的，有些磁珠不僅在全血DNA提取過程中會結團，其他的樣本也同樣會結團，其實結團現象可以用來提前預判實驗結果，結團往往是吸附了大量核酸，如果哪次實驗沒有結團，本次的實驗結果或許會不太好，不過也不能一概而論，雜質太多也是引起磁珠結團的原因。通過修改試劑配方，優化試劑用量，可以改善磁珠的結團現象，這就需要對各種參數進行調整。

4、洗脫
得率是影響下游實驗的最直接因素，根據我們的經驗，200ul的全血，得率一般在10ug以上，但是有時實驗的結果只有2ug左右，甚至更低，這樣的結果可能是兩方面導致的，第一是裂解，第二是洗脫。若是裂解過程的問題，可能是裂解不充分，在洗滌的時候上清液顏色會發黃、發紅，這種情況下，可以提高裂解溫度，或者增加裂解液使用量。洗脫環節的問題，經常表現為結團的磁珠未被打散，或有掛壁現象，磁珠有滯留，從而減少了核酸的含量，可考慮加大震蕩力度，或用槍頭吹吸解決。
 
【實驗案例】
案例1：
同一批次試劑提取不同健康人新鮮血樣的實驗結果：

樣本序號	樣本	A260/A280	A260/A230	Conc.(ng/µL)
1	1號血樣	1.80	1.89	75.7
2	2號血樣	1.89	1.89	73.9
3	3號血樣	1.83	1.93	68.2
4	4號血樣	1.82	1.90	67.9
5	5號血樣	1.84	1.99	59.1

電泳圖如下：

結果分析：試劑的提取效果很好（提取產物純度好、濃度高、電泳條帶完整）

案例2：
不同批次試劑提取同一豬血樣本的實驗結果：

試劑批號	A260/A280	A260/A230	Conc.(ng/µL)
批次1	1.87	1.90	157.5
批次1	1.87	1.96	137.9
平均值	1.87	1.93	147.7
批次2	1.88	1.92	132.6
批次2	1.88	1.99	140.4
平均值	1.88	1.96	136.5
批次3	1.89	1.95	141.2
批次3	1.89	1.91	141.7
平均值	1.89	1.93	141.4

結果分析：由上圖可以看出，提取試劑批次間差異小。