發酵罐安裝好電極。在滅菌前檢查各接口，各個管線外觀是否是正常的，出蒸汽管是否是牢固的。各個閥門應由兩個人去檢查是否處于完全關閉狀態。
發酵罐滅菌時至少要求兩個人在場，一個人來負責操作各種閥門，另一個人來負責觀察報告各項參數。
發酵罐確認各個閥門處于關閉狀態后，打開蒸汽發生器進水閥，啟動蒸氣發生器，蒸氣發生器開始自動進水，此時應該打開蒸氣發生器下部的排水閥，盡量放去水銹后關閉排水閥。注意觀察蒸汽發生器內水量液位，防止發生事故。

發酵罐此時應完全打開夾套出氣閥閥門，緩慢打開蒸汽發生器的總閥門，緩慢打開部分夾套進氣閥，開始對夾套通入水蒸氣。開始時可能蒸汽壓力不穩，壓力表指針劇烈擺動，可以適當關小夾套進氣閥，然后依次來打開取樣閥出蒸汽閥，取樣閥進蒸汽閥，底閥出蒸汽閥，底閥進蒸汽閥，對取樣閥和底閥滅菌，同時排盡壓力不穩的水蒸氣。水蒸氣壓力不劇烈變化時再依次關閉、底閥出氣閥。

發酵罐罐內的溫度逐漸上升，至所設置90°溫度時，攪拌電機停止轉動，此時打開罐體總進氣閥，打開罐體出氣管閥，依次打開以下閥門：打開出氣調節閥，緩慢打開罐體進蒸汽閥對罐內通入蒸汽，空氣濾器表壓開始上升，超過0.1MP時打開冷凝水閥門疏水，繼續開大罐體進蒸汽閥，除盡罐內空氣后，罐內壓緩慢上升，調整出氣調節閥，使之達到滅菌所要求溫度壓力，達到滅菌溫度時計時開始。

調整夾套進氣閥、罐體進蒸汽閥和出氣調節閥，使溫度、罐壓保持所設溫度。滅菌時間到后，依次關閉已開的各進汽閥門，關閉蒸汽總閥門，完全放開罐內尾氣排氣閥放掉罐內壓力，關閉蒸汽發生器電源。打開空氣壓縮機，等罐壓降至0.05MP時，緩慢打開進氣調節閥，維持罐內正壓。

發酵罐滅菌過程中，操作員應穿長衣長褲，帶防護手套，防止燙傷。滅菌過程中如果蒸汽發生器自動進水，蒸汽總壓將迅速下降，必要時可以適當開大蒸汽總閥門，保持壓力，但要小心觀察壓力變化。對罐內通蒸汽時，滅菌后罐壓下降較快，注意通無菌空氣時機。盡量不要使空氣壓縮機和蒸汽發生器同時工作。滅菌過程中空氣濾器壓力不應超過0.2MP。冷凝水的大小將影響罐內液體滅菌后濃度，要考慮蒸汽冷凝水增加量。