一、項目目標：

    利用NLP(Natural Language Processing)方法從PubMed文獻摘要數據庫中分析A基因調控網絡，并對互作的基因進行GO、pathway分析。

用途：

    基因-基因互作網絡、基因-蛋白互作網絡、基因-microRNA互作網絡、蛋白-蛋白互作網絡、microRNA-microRNA互作網絡。

二、項目方案

2.1.基本流程

1） 利用關鍵詞進行文檔搜索，并將文檔整理成XML格式。

2） 將摘要文本分離成單個句子。后續的分析是以句子為基本單位的。

3） 利用B軟件進行人類基因的描述的定位，提取基因。

4） 基因符號以NCBI的entrez gene數據庫為準。基因互作關系由B軟件繪制為網絡結構。

5） 建立一個基因互作的verb詞典，分離句子中基因互作的verb。

6） 生成A基因同義詞字典，分離句子中A基因的描述。

7） 統計分析基因名、互作verb和A基因同時出現(co-occurrence)的句子，整理列表。基因互作關系由某軟件繪制為網絡結構。

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