甲基化測序數(shù)據(jù)分析服務(wù)

Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing

提供甲基化測序的數(shù)據(jù)分析服務(wù)

服務(wù)類別：	芯片與生物信息學(xué)	總訪問：	3643
最后更新：	2014-4-1	半年訪問：	2
參考報價：	021-31523052
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服務(wù)商：上海敏芯信息科技有限公司

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服務(wù)介紹
公司簡介

敏芯科技為您提供如下分析服務(wù)

一、項目目標(biāo)

MeDIP-seq（Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing）采用甲基化DNA免疫共沉淀技術(shù)，通過5'-甲基胞嘧啶抗體特異性富集基因組上發(fā)生甲基化的DNA片段，然后進行高通量測序。分析內(nèi)容：尋找基因組上的甲基化區(qū)域，從而比較不同細胞、組織、或疾病樣本間的DNA甲基化差異。

二、項目方案

2.1.測序數(shù)據(jù)預(yù)處理

我們對測序數(shù)據(jù)進行質(zhì)量控制和預(yù)處理。去除接頭污染，并去除可信度低的序列。對符合質(zhì)量要求的數(shù)據(jù)進行歸并與整理。

2.2. 序列比對與序列富集區(qū)域（peak）的預(yù)測

我們利用比對軟件將序列與參考基因組序列進行比對。利用序列富集區(qū)域（peak）的預(yù)測算法預(yù)測peak位置。

2.3.序列富集區(qū)域（peak）與基因注釋

我們從public數(shù)據(jù)庫獲得最新的基因坐標(biāo)數(shù)據(jù)，與我們預(yù)測的peak位置進行比較。將peak區(qū)分為不同的類別，統(tǒng)計結(jié)果示例：

2.4. DMR（Differentially methylated region）差異甲基化區(qū)域篩選

對于分組的MeDIP-seq數(shù)據(jù)，我們通過統(tǒng)計學(xué)方法，如Fisher's exact test，篩選在不同組間存在顯著差異的peak。同時我們還將提供peak相關(guān)的基因注釋內(nèi)容。

2.5. 其他可選分析

甲基化結(jié)果可以與表達譜數(shù)據(jù)進行關(guān)聯(lián)整合分析。另外，甲基化也可以做轉(zhuǎn)錄可變剪切等方面的深入挖掘。

＊所有版權(quán)及解釋權(quán)歸上海敏芯信息科技有限公司所有；根據(jù)客戶的要求可以繼續(xù)進行其他的深入分析，如有問題請聯(lián)系021-31523052

上海敏芯信息科技有限公司

上海敏芯信息科技有限公司成立于2006年10月，是國內(nèi)知名的生物信息學(xué)服務(wù)提供商。隨著業(yè)務(wù)擴展，公司已經(jīng)發(fā)展成為國內(nèi)第一家專業(yè)提供系統(tǒng)生物學(xué)服務(wù)的高科技企業(yè)，提供包括基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)相關(guān)的實驗設(shè)計、實驗檢測、數(shù)據(jù)分析、結(jié)果驗證及論文修改的全面解決方案。公司已獲得國家及上海市中小企業(yè)創(chuàng)新基金、上海市科技創(chuàng)新行動計劃、上海市大學(xué)生創(chuàng)業(yè)基金、上海市專利試點企業(yè)、上海市技術(shù)成果轉(zhuǎn)化認證、上海市楊浦區(qū)人才資助資金等多項國家及省部級獎勵。

具體業(yè)務(wù)包括：

-基因芯片：表達譜芯片、miRNA芯片、SNP芯片、甲基化芯片、Exon芯片、Tilling芯片、lncRNA芯片等實驗及數(shù)據(jù)分析

- 高通量測序：miRNA測序、mRNA測序、基因組重測序、甲基化測序、ChIP-Seq等實驗及數(shù)據(jù)分析

-蛋白質(zhì)組學(xué)：蛋白質(zhì)芯片（SELDI）、細胞因子芯片、ITRAQ、Shotgun Proteomics、DIGE-2D等

- 代謝組學(xué)：液質(zhì)聯(lián)用（LC-MS）、氣質(zhì)聯(lián)用（GC-MS）及核磁共振（NMR）的實驗及數(shù)據(jù)分析

- 文獻挖掘：提供基于pubmed數(shù)據(jù)庫的關(guān)鍵詞搜索服務(wù)

- 生物信息培訓(xùn)：定期舉辦綜合性生物信息培訓(xùn)班，并提供上門培訓(xùn)服務(wù)及隨到隨學(xué)班

u 專利代理：提供生命科學(xué)領(lǐng)域的專利寫作、專利潤色及專利申請服務(wù)

- 實驗服務(wù)：引物設(shè)計、RT-PCR、3730測序、Western Blot、2D-MS等

目前，公司國內(nèi)外客戶已超過500家，合作發(fā)表了50多篇高影響因子的SCI(影響因子累計超過100分)，并參與多項國家科研項目的申請與實施。

售后服務(wù)

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