在Bioinformatics Solutions Inc. (BSI)，我們秉承的使命是通過深度學習軟件解決方案和世界領先的質譜技術服務來推進蛋白質組學和糖蛋白組學的研究。在今年的ASMS上，我們很高興為大家介紹最新版本的PEAKS^®️ Studio和PEAKS^®️ Online，并介紹我們實驗服務的新項目，如DeepImmu^®️免疫肽組學發現服務和PEAKS^®️ AB多克隆抗體測序服務等。您可以通過郵件（peaks@bioinfor.com）與PEAKS團隊成員預約會議，或直接到#302展位交流。

PEAKS 用戶會
時間: 6月2日，星期日，12:00 pm – 4:30 pm PDT
地點：Sheraton Park Hotel at the Anaheim Resort, 1855 S Harbor Blvd, Anaheim, CA 92802, United States
PEAKS用戶會注冊鏈接：https://www.bioinfor.com/peaks-users-meeting-2024/

BSI很榮幸地邀請到了Andy Qi Ph.D. (NIH)，Darshit Shah MSc.（美國再生元制藥公司)，Richard Kay Ph.D. (劍橋大學)和John Muchena Ph.D. (雅培公司)來分享他們如何使用PEAKS^®️軟件完成實驗研究。在用戶會期間，PEAKS團隊還將展示PEAKS^®️ 12的最新功能以及我們的實驗室提供的最新服務項目。演講結束后，PEAKS將在露臺舉辦交流活動，為大家提供精美食物和飲料！

PEAKS 展會信息

• 展位號： #302

• 時間：
  June 2: 7:45 pm – 9:00 pm
  June 3–5: 9:00 am – 5:00 pm
  June 6: 9:00 am – 2:30 pm

• 展會地點：Anaheim Convention Center, 800 W Katella Ave, Anaheim, CA 92802, United States

軟件亮點
在今年ASMS上，大家將了解到我們如何在PEAKS^®️ Studio和PEAKS^®️ Online中推進深度學習的應用。在PEAKS^®️ 12中，我們整合了人工智能算法來提升多肽從頭測序，PEAKS DB, PEAKS DIA和用于免疫肽組學的DeepNovo ^®️ Peptidome。

1. 在新版本的PEAKS^®️軟件中，用戶將體驗到最準確和最快的多肽從頭測序。多年來，PEAKS一直被業內看作是自動多肽從頭測序的黃金標準，隨著GPU加持的“DeepNovo”推出，PEAKS中的從頭測序也達到了有史以來的最高水平。
2. 深度學習已應用于我們的DIA分析工作流，包括譜圖庫搜索、直接數據庫搜索和從頭測序。在新版本中，用戶可以體驗到更快的DIA數據分析，更高的靈敏度和準確性，以及更好的短梯度數據支持。
3. DeepNovo^®️ Peptidome workflow支持DDA和DIA數據的免疫肽組分析。新版中，我們整合了最先進的DeepNovo算法，實現了更快的速度，提供更全面的肽段信息，包括翻譯后修飾、序列變異和新生肽段。
4. PEAKS DB search提供了一種獨特的de novo輔助的數據庫搜索方法，以提高靈敏度和準確性。用戶可以選擇通過深度學習提升MS2評分，并將鑒定數量提高約10%。

我們的免疫肽組學服務包括細胞裂解、組織和血漿樣品處理、MHC多肽純化、LC-MS/MS數據采集、多肽鑒定、序列MOTIF分析、結合親和力和免疫原性預測。此外，還包括質控測試，以確保結果的準確性。我們先進的軟件算法和PEAKS DeepNovo Peptidome工作流程為免疫肽的定性和定量提供準確、靈敏和可重復的結果。

TP 566 
Title：An AI-driven, proteogenomics-based and complete workflow for novel neoantigen discovery
Authors: Qing Zhang [1], Kyle Hoffman [1], Sahar Rabinoviz [1], Peng Chao [2], Haibo Bian [1], Wenting Li [1], Lei Xin [1], Baozhen Shan [1]

[1] Bioinformatics Solutions Inc., Waterloo, ON
[2] Baizhen Biotechnology (Shanghai) Co., Ltd., Shanghai 201112, China

ThP 058 
Title：A Bayesian model for estimating the posterior error probability and the false discovery rate of de novo peptide sequencing
Authors: Hieu Tran [1], Rui Qiao [1], Lei Xin [1], Baozhen Shan [1]

[1] Bioinformatics Solutions Inc., Waterloo, ON

WP 047 
Title：Revolutionizing Proteomics: Ultra-Fast, High-Accuracy Peptide Sequencing with Enhanced GraphNovo Algorithm
Authors: Zeping Mao [1], Lei Xin[1], Shengying Pan [1], Baozhen Shan [1]

[1] Bioinformatics Solutions Inc., Waterloo, ON

WP 704 
Title：Combining Top-Down and Bottom-Up Mass Spectrometry Paves the Way for High Throughput Polyclonal Antibody Sequencing
Authors: Lei Xin [1], Peng Chao [2], Jun Ma [2], Peng Chao [1], Shuyang Zhang [1], Zihao Wang [1], Wenting Li [1], Baozhen Shan [1]

[1] Bioinformatics Solutions Inc., Waterloo, ON
[2] Baizhen Biotechnology (Shanghai) Co., Ltd., Shanghai 201112, China

MP 451 
Title：Confident identification of proteome-wide low-level mutations using PEAKS 11.5
Authors: Kyle Hoffman [1], Julie Genereaux [2], Lei Xin [1], Zia Rahman [1], Christopher J Brandl [2], Patrick O’Donoghue [2], Baozhen Shan [1]

[1] Bioinformatics Solutions Inc., Waterloo, ON
[2] Wester University, London, ON
 

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作為生物信息學的領軍企業，BSI專注于蛋白質組學和生物藥領域，通過機器學習和先進算法提供世界領先的質譜數據分析軟件和蛋白質組學服務解決方案，以推進生物學研究和藥物發現。我們通過基于AI的計算方案，為您提供對蛋白質組學、基因組學和醫學的卓越洞見。旗下著名的PEAKS^®️系列軟件在全世界擁有數千家學術和工業用戶，包括：PEAKS^®️ Studio，PEAKS^®️ Online，PEAKS^®️ GlycanFinder, PEAKS^®️ AB及抗體綜合表征服務等。

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