系列講座主題:
主題一:利用海量晶體數據賦能分子設計
主題二:分子對接軟件GOLD特點及使用案例
主題三:結合Mogul和Gaussian量化計算進行分子優化
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一、利用海量晶體數據賦能分子設計
時間:10月19日(周四)下午15:00-16:00
CSD是由CCDC(劍橋晶體數據中心)維護的目前全球最大的小分子晶體數據庫,目前CSD已經包含超過125萬個小分子的晶體結構。本次研討會我們將探索如何利用這些海量的數據并轉化為對藥物發現有用的知識信息以及軟件工具,從而助力藥物設計。
本次研討會將重點向您介紹兩個工具,展示如何從CSD的海量數據中獲得知識和見解,并應用這些知識和見解幫助藥物設計:
♦ 構象驗證:通過將分子構象與已知的經驗結果進行比較,驗證您的目標化合物構象的合理性。Mogul是一個CCDC組件,利用CSD作為知識庫,用于分子構象的確證和優化。
♦ 理解相互作用:使用完整的相互作用圖(FIMs)來預測分子內和分子間的相互作用。FIMs允許您生成一個3D相互作用圖,它包圍著一個分子,并表示與某些官能團發生相互作用的概率較高的區域。
二、分子對接軟件GOLD特點及使用案例
時間:10月26日(周四)下午15:00-16:00
GOLD是由CCDC開發的一款被廣泛使用分子對接軟件,其依靠CSD海量的小分子晶體數據使得GOLD在對接時的小分子構象生成、分子間相互作用理解等方面有獨有的優勢。本次研討會我們將探討GOLD的特點和相應的成功案例,包括水分子介導的對接、蛋白柔性對接等。
本次研討會我們將探討GOLD的特點和相應的成功案例,包括水分子介導的對接、蛋白柔性對接等。
三、結合Mogul和Gaussian量化計算進行分子優化
時間:11月2日(周四)下午15:00-16:00
Mogul是CCDC用于小分子構象分析和確證的強大工具,應用Mogul可以快速探索您感興趣的分子構象或局部構象在真實晶體世界中的分布情況。Mogul是基于已有真實晶體數據的知識總結和提煉,特點是快速而準確。
Gaussian是權威的量子化學計算軟件包,可以基于量子力學原理精確計算分子的各項性質包括優勢構象的探索、構象能的計算、扭轉能的計算、二面角的搜索等等。Gaussian計算相對比較耗時但是準確。
本次講座我們結合Mogul和Gaussian進行分子構象的分析和精確的扭轉能計算以輔助進行分子優化。