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賽業(yè)韓藍(lán)青專訪:罕見(jiàn)病基因治療聯(lián)盟促藥物臨床轉(zhuǎn)化

瀏覽次數(shù):17930 發(fā)布日期:2023-1-31  來(lái)源:本站 本站原創(chuàng),轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明出處
廣州日?qǐng)?bào)專訪|聯(lián)盟執(zhí)行秘書長(zhǎng)、賽業(yè)生物董事長(zhǎng)韓藍(lán)青:成立罕見(jiàn)病基因治療聯(lián)盟以促進(jìn)罕見(jiàn)病藥物臨床轉(zhuǎn)化

近日,賽業(yè)生物董事長(zhǎng)、清華珠三角研究院人工智能創(chuàng)新中心主任韓藍(lán)青接受了廣州日?qǐng)?bào)的獨(dú)家專訪,表達(dá)了關(guān)于AI如何助力罕見(jiàn)病藥物臨床轉(zhuǎn)化的看法。基于多年來(lái)的奮斗經(jīng)歷,他帶領(lǐng)著賽業(yè)生物完成了基因治療技術(shù)平臺(tái)的創(chuàng)新迭代,并推動(dòng)廣州罕見(jiàn)病基因治療聯(lián)盟成立,以便更好地為罕見(jiàn)病藥物研發(fā)提供支持。
 
“在全球數(shù)字化浪潮下,人工智能和醫(yī)療大數(shù)據(jù)正在持續(xù)助力罕見(jiàn)病研究。”
“我們一直在積極布局罕見(jiàn)病及基因治療領(lǐng)域,讓AI更好地照進(jìn)生物產(chǎn)業(yè)。”
…… 
 
AI技術(shù)助力提升AAV衣殼蛋白篩選效率
韓藍(lán)青介紹說(shuō),罕見(jiàn)病治療的關(guān)鍵是找到致病基因,以目前的研究手段想要尋找到這些基因如同大海撈針,但借助人工智能對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行處理和學(xué)習(xí),便可以對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果進(jìn)行預(yù)測(cè),提高藥物研發(fā)效率。AAV作為基因治療領(lǐng)域最常用的病毒載體之一,近年來(lái)已吸引一大批藥企入局,并在多種罕見(jiàn)病適應(yīng)癥上取得進(jìn)展。據(jù)不完全統(tǒng)計(jì),全球已有6個(gè)AAV基因治療藥物獲上市批準(zhǔn)。2019年,F(xiàn)DA批準(zhǔn)Zolgensma用于治療1型脊髓性肌萎縮癥(SMA),是第一個(gè)基于AAV的中樞神經(jīng)系統(tǒng)疾病基因療法。目前,國(guó)內(nèi)已有8款適應(yīng)癥為罕見(jiàn)病的AAV藥物獲批進(jìn)入臨床,主要聚焦在神經(jīng)、眼科、血液疾病領(lǐng)域,多數(shù)仍處在臨床探索階段。
 
基因療法是利用基因進(jìn)行治療或預(yù)防疾病的技術(shù),包括基因增補(bǔ)和基因編輯。近年來(lái),基因治療技術(shù)逐漸成熟,憑借其“一次性徹底治愈”的特點(diǎn),可以將患者突變的致病基因替換為正常基因,已成為罕見(jiàn)病創(chuàng)新療法的重點(diǎn)研究方向。罕見(jiàn)病之所以成為藥企基因療法的最佳選擇,一是90%以上的罕見(jiàn)病仍缺少可治療藥物;二是80%以上的罕見(jiàn)病都是單基因突變的遺傳病,為基因療法提供了一個(gè)非常好的平臺(tái)。
 
目前已有約8000種疾病被確定為罕見(jiàn)病,約有80%是由基因突變導(dǎo)致的,多為單基因突變。基因治療可最大程度針對(duì)病因,更精準(zhǔn)更有效,所以AI在罕見(jiàn)病藥物研發(fā)中能發(fā)揮突出作用。目前美國(guó)臨床前研發(fā)品種有371個(gè),進(jìn)入一期、二期和三期臨床研究的藥物分別有41、119和23個(gè),注冊(cè)與預(yù)注冊(cè)的有9個(gè)。這種衣殼蛋白篩選技術(shù),可以幫助國(guó)內(nèi)的制藥企業(yè)研發(fā)罕見(jiàn)病對(duì)癥藥物。他解釋說(shuō),如何將目的基因安全有效地遞送到人體內(nèi)是基因治療的關(guān)鍵瓶頸。提高AAV產(chǎn)毒效率、開(kāi)發(fā)組織特異性更優(yōu)、侵染效率更高的新型腺相關(guān)病毒(AAV)病毒血清型,對(duì)于罕見(jiàn)病基因治療中降低AAV給藥劑量、提高安全性、降低治療成本具有重要意義。
 
這一環(huán)節(jié)中,對(duì)AAV衣殼蛋白的改造則是重中之重。其中,當(dāng)前基因治療產(chǎn)品開(kāi)發(fā)中最關(guān)注的3個(gè)方面,組織靶向性、侵染效率和產(chǎn)量,決定了基因治療藥物的療效和價(jià)格。“目前衣殼蛋白改造的方法使用最廣泛的就是人工智能輔助的定向進(jìn)化。”韓藍(lán)青說(shuō),最近發(fā)表的一項(xiàng)研究顯示,美國(guó)生物技術(shù)公司Dyno Therapeutics技術(shù)團(tuán)隊(duì)分別通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)機(jī)器學(xué)習(xí)輔助DNA文庫(kù)設(shè)計(jì),從AAV2野生型序列的28個(gè)氨基酸片段獲得了具有衣殼包裝能力的110689個(gè)候選突變體,變種數(shù)遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過(guò)了理性設(shè)計(jì)和隨機(jī)突變文庫(kù)產(chǎn)生具有AAV衣殼包裝能力的數(shù)量。該技術(shù)利用機(jī)器學(xué)習(xí)的算法,對(duì)文庫(kù)篩選之后的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析并建模,再利用機(jī)器學(xué)習(xí)的模型產(chǎn)生新的文庫(kù)序列,提高了文庫(kù)設(shè)計(jì)的精準(zhǔn)性,從而提升定向進(jìn)化篩選的成功率。“AI+新藥領(lǐng)域算法從機(jī)器學(xué)習(xí)擴(kuò)展到深度學(xué)習(xí),深度學(xué)習(xí)算法解決了標(biāo)準(zhǔn)機(jī)器學(xué)習(xí)算法面臨的挑戰(zhàn),在藥物發(fā)現(xiàn)的過(guò)程中,可以廣泛應(yīng)用于藥物活性預(yù)測(cè)、靶點(diǎn)發(fā)現(xiàn)等。利用AI深度學(xué)習(xí)技術(shù)引導(dǎo)的基因治療遞送載體AAV衣殼蛋白篩選,可以在10億個(gè)基因中篩選十萬(wàn)個(gè)候選突變體,效率提升了幾個(gè)幾何量級(jí),這將有望成為國(guó)內(nèi)首款A(yù)I在基因治療遞送載體AAV上的場(chǎng)景應(yīng)用。”韓藍(lán)青說(shuō)。
 
韓藍(lán)青表示,基于定向進(jìn)化的傳統(tǒng)方法,需要在DNA文庫(kù)合成之后,先包裝成病毒再注射動(dòng)物進(jìn)行篩選。這個(gè)流程往往需要重復(fù)3-6次,最終才能獲得少量的候選載體。而AI引導(dǎo)的篩選法,僅需要在首次獲得生物學(xué)實(shí)驗(yàn)篩選和驗(yàn)證數(shù)據(jù)后,即可根據(jù)設(shè)定的參數(shù)直接生成新的具有目標(biāo)特性的AAV突變體序列。該技術(shù)破解了AAV突變體篩選受限于DNA文庫(kù)合成技術(shù)和實(shí)驗(yàn)技術(shù)的限制。一旦該技術(shù)方法建立成功,能夠在短時(shí)間內(nèi)快速篩選大量的可用于臨床藥物開(kāi)發(fā)的基因治療載體,滿足市面上絕大部分藥物研發(fā)企業(yè)的需求。目前,這種AI輔助篩選技術(shù)已經(jīng)被國(guó)內(nèi)30多家制藥企業(yè)使用,韓藍(lán)青預(yù)測(cè),到2025年,預(yù)計(jì)會(huì)有5-10種罕見(jiàn)病用藥進(jìn)入臨床試驗(yàn)。
 
目前多數(shù)罕見(jiàn)病藥物價(jià)格都非常高,美國(guó)一款針對(duì)SMA的基因藥物,價(jià)格也在200萬(wàn)美元以上。而國(guó)內(nèi)很多罕見(jiàn)病都無(wú)藥可醫(yī),即便有對(duì)癥藥物,價(jià)格也非常高且尚未納入醫(yī)保報(bào)銷。如果這種篩選方法取得預(yù)期成果,通過(guò)高效地篩選目標(biāo)特性的AAV衣殼蛋白,不僅使得遺傳疾病能夠“有藥可醫(yī)”,還將大大降低基因治療藥物的開(kāi)發(fā)成本和藥物價(jià)格,讓更多罕見(jiàn)病患者受益。

 
成立罕見(jiàn)病基因治療聯(lián)盟以促進(jìn)罕見(jiàn)病藥物臨床轉(zhuǎn)化
賽業(yè)生物實(shí)驗(yàn)室
 
目前,賽業(yè)生物技術(shù)團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)的“人工智能輔助基因治療遞送載體AAV衣殼蛋白篩選技術(shù)”參加了2022年由科技部主辦的全國(guó)顛覆性技術(shù)創(chuàng)新大賽,此次大賽全國(guó)有2851項(xiàng)目參加,經(jīng)過(guò)層層篩選,有348項(xiàng)目(廣東省入選14個(gè)項(xiàng)目)進(jìn)入全國(guó)領(lǐng)域賽進(jìn)行角逐,有望進(jìn)入科技部顛覆性技術(shù)備選庫(kù)。

 
成立罕見(jiàn)病基因治療聯(lián)盟以促進(jìn)罕見(jiàn)病藥物臨床轉(zhuǎn)化
 
成立罕見(jiàn)病基因治療聯(lián)盟助力罕見(jiàn)病藥物研發(fā)
韓藍(lán)青告訴記者,目前全球已知的8000多種罕見(jiàn)病中僅有不到10%的疾病有治療方案,然而,在我國(guó)明確注冊(cè)罕見(jiàn)病適應(yīng)癥的藥物僅有55種,僅涉及《第一批罕見(jiàn)病目錄》中的31種罕見(jiàn)病,納入國(guó)家醫(yī)保目錄的僅有18種罕見(jiàn)病。被確診為罕見(jiàn)病是一種不幸,而無(wú)藥可治更是一種無(wú)望,即便有藥也是小部分企業(yè)才能開(kāi)發(fā)出來(lái)的“天價(jià)藥”,患者用不起就會(huì)導(dǎo)致企業(yè)研發(fā)成本無(wú)法回收,那么企業(yè)對(duì)罕見(jiàn)病的治療關(guān)注就少。所以罕見(jiàn)病的治療是一個(gè)生命健康產(chǎn)業(yè)鏈的循環(huán)扣問(wèn)。
 
要解決這些問(wèn)題需要全產(chǎn)業(yè)鏈合力解決,要大大降低開(kāi)發(fā)成本,提高藥物/方案的質(zhì)量,同時(shí)要擴(kuò)大藥物生產(chǎn)規(guī)模。讓做新藥研發(fā)的MAH(藥品上市許可持有人)能夠在更短的時(shí)間,花費(fèi)更少的投入,更高效、更高水平地將其研發(fā)的基因治療藥物完成臨床前評(píng)估、臨床實(shí)驗(yàn)、上市,讓罕見(jiàn)病患者能夠更早用上便宜的基因治療藥物。
 
與此同時(shí),罕見(jiàn)病領(lǐng)域,普遍存在科研投入少、診斷率低、缺乏有效的治療手段,而且僅有的治療藥物往往不在醫(yī)保體系中的情況,絕大部分患者面臨著“無(wú)藥可用”的困境。罕見(jiàn)病并不罕見(jiàn),這類疾病對(duì)人民健康和社會(huì)經(jīng)濟(jì)的發(fā)展史不可忽視的。在2018年中國(guó)罕見(jiàn)病調(diào)研報(bào)告顯示,不僅普通老百姓不了解罕見(jiàn)病,33.3%的醫(yī)生明確表示也不了解罕見(jiàn)病,可以想象在基層醫(yī)療機(jī)構(gòu)這一比例更高,造成罕見(jiàn)病的誤診情況非常普遍。為此,2021年10月,韓藍(lán)青所在的清華珠三角研究院聯(lián)合廣州市乃至華南區(qū)研究罕見(jiàn)病基因治療的高校、研究院、醫(yī)院、藥企等,成立了廣州產(chǎn)學(xué)研協(xié)同創(chuàng)新聯(lián)盟罕見(jiàn)病基因治療產(chǎn)學(xué)研醫(yī)技術(shù)創(chuàng)新聯(lián)盟(簡(jiǎn)稱:廣州罕見(jiàn)病基因治療聯(lián)盟),賽業(yè)生物也是聯(lián)盟的副理事長(zhǎng)單位之一。

 
成立罕見(jiàn)病基因治療聯(lián)盟以促進(jìn)罕見(jiàn)病藥物臨床轉(zhuǎn)化
 
人類基因組計(jì)劃的完成推動(dòng)基因組測(cè)序等技術(shù)的發(fā)展,這些技術(shù)不斷應(yīng)用到罕見(jiàn)病研究中,同時(shí)也推動(dòng)著罕見(jiàn)病研究進(jìn)一步發(fā)展。二代基因組測(cè)序技術(shù)、生物信息分析技術(shù)等可以促進(jìn)揭示罕見(jiàn)病發(fā)病機(jī)制、發(fā)現(xiàn)和鑒定致病基因,但80%的罕見(jiàn)病是因遺傳變異引起,通過(guò)做二代測(cè)序和生信分析后數(shù)據(jù)會(huì)提示一系列有可能致病的突變,研究人員難以在數(shù)百甚至上千個(gè)突變中精準(zhǔn)確定哪些突變位點(diǎn)最終導(dǎo)致疾病的發(fā)生,往往需要做大量的點(diǎn)突變實(shí)驗(yàn)大/小鼠,但往往也看不到表型,這造成了極大的資源浪費(fèi)和時(shí)間浪費(fèi)。

為此,韓藍(lán)青帶領(lǐng)團(tuán)隊(duì)一直在找尋突破口。經(jīng)過(guò)1年多的努力,清華珠三角研究院和賽業(yè)生物共同開(kāi)發(fā)出了罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)中心(RDDC),其整合了全球已公布的確診疾病的流行病學(xué)數(shù)據(jù)、藥物發(fā)展概況、疾病相關(guān)基因圖譜、基因突變位點(diǎn)、疾病相關(guān)實(shí)驗(yàn)大小鼠模型等數(shù)據(jù)信息。同時(shí), RDDC在對(duì)罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)信息進(jìn)行搜集整理和重構(gòu)的基礎(chǔ)上又以疾病、基因和動(dòng)物模型為主線, 對(duì)相關(guān)數(shù)據(jù)信息進(jìn)行了多維度的展示。

 
成立罕見(jiàn)病基因治療聯(lián)盟以促進(jìn)罕見(jiàn)病藥物臨床轉(zhuǎn)化
 
此外, RDDC還充分利用現(xiàn)有已公開(kāi)的遺傳大數(shù)據(jù)資源, 布局了基于人工智能與生物信息技術(shù)的遺傳疾病相關(guān)基因診斷工具, 首次公開(kāi)的AI工具包括突變致病性預(yù)測(cè) (Patho Predict)、突變剪接預(yù)測(cè) (RNA Splicer)。這也是全球第一次將上述AI工具以免費(fèi)的網(wǎng)頁(yè)形式公布。
 
韓藍(lán)青對(duì)AI助力罕見(jiàn)病基因治療充滿信心,他認(rèn)為,對(duì)于罕見(jiàn)病患者、從事罕見(jiàn)病相關(guān)工作的醫(yī)生和研發(fā)人員來(lái)說(shuō),這條路走下去,迎來(lái)的會(huì)是一片光明。
 
未來(lái),賽業(yè)生物也將聚焦醫(yī)藥研發(fā)的智能化探索與實(shí)踐,借助人工智能技術(shù)加速新藥的篩選和遞送載體的優(yōu)化,讓罕見(jiàn)病的科學(xué)研究和新藥研發(fā)更有針對(duì)性。
 
關(guān)于賽業(yè)生物
賽業(yè)生物成立于2006年,是一家以數(shù)據(jù)、算法和模型加速新藥研發(fā)的創(chuàng)新型CRO企業(yè)。賽業(yè)生物以動(dòng)物模型為依托,結(jié)合在人工智能的深度探索,在基因編輯動(dòng)物模型領(lǐng)域走在行業(yè)前沿,從動(dòng)物模型資源庫(kù)、模型定制、飼養(yǎng)繁育、無(wú)菌鼠技術(shù)服務(wù)到表型功能驗(yàn)證,全方位智能化滿足客戶在基礎(chǔ)研究和新藥研發(fā)領(lǐng)域動(dòng)物模型需求。同時(shí),賽業(yè)生物不斷豐富產(chǎn)品線,強(qiáng)化數(shù)據(jù)和模型優(yōu)勢(shì),前瞻性布局基因治療與細(xì)胞治療領(lǐng)域,結(jié)合靶點(diǎn)預(yù)測(cè)與驗(yàn)證平臺(tái)、病毒載體研制平臺(tái)、評(píng)價(jià)模型構(gòu)建平臺(tái)和有效性評(píng)價(jià)平臺(tái),在賽道轉(zhuǎn)換中再次騰飛。
 
賽業(yè)生物目前員工人數(shù)超900名,總規(guī)模超40000平方米,在中國(guó)廣州、蘇州、固安設(shè)立有全資子公司,在成都、北京、上海、武漢、長(zhǎng)沙等地設(shè)有辦事處,在美國(guó)Santa Clara和日本東京設(shè)有子公司。賽業(yè)生物已和全球100多個(gè)國(guó)家和地區(qū)的科學(xué)家及企事業(yè)單位建立了廣泛的合作,產(chǎn)品與技術(shù)已直接應(yīng)用于包括CNS(Cell, Nature, Science)三大期刊在內(nèi)的9000余篇學(xué)術(shù)論文。秉承著為生物科技創(chuàng)造無(wú)限可能的企業(yè)愿景,賽業(yè)生物愿與全球醫(yī)藥研發(fā)人員共拓美好未來(lái)!
相關(guān)公司:賽業(yè)(蘇州)生物科技有限公司
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