單細胞測序技術與應用 |
1. 單細胞組學技術發展歷程和原理介紹。
2. 單細胞測序技術在科研領域的應用。
3. 近年單細胞方向高分文章思路解析。
4. 單細胞組學和多組學整合分析思路和案例介紹。 |
Linux及R語言入門與實操 |
1. 常規基礎Linux命令入門講解及實操訓練。
2. R語言簡介及安裝,RStudio的安裝及使用說明。
3. R語言語法介紹及常用命令。
4. 數據處理功能及統計應用。
5. R語言畫圖實操。 |
單細胞轉錄組數據分析思路及流程
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1. 單細胞實驗處理、建庫及測序。
2. 單細胞轉錄組比對、定量、分群及擬時間分析等分析思路。
3. 單細胞轉錄組轉錄因子及功能通路解析。
4. 單細胞組學技術在癌癥、發育、免疫及在植物、微生物等領域的研究內容及思路。 |
單細胞轉錄組數據分析實操
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1. 常規單細胞組學數據比對。
2. 10X官方單細胞軟件Cellranger講解及實操。
3. 從基因表達矩陣開始到marker基因篩選全過程講解及實操。
4. 通過Seurat軟件進行PCA及tSNE降維。
5. 單細胞轉錄組細胞鑒定及聚類分析。
6. 通過Seurat及GSVA等進行單細胞轉錄組差異分析。 |
多組學整合分析和結果解讀 |
1. 轉錄組,基因組,表觀分析介紹。
2. RNA和 ATAC-seq等多組學整合分析。
3. 常規10X單細胞ATAC數據測序原理簡介、分析流程介紹。
4. 單細胞免疫組庫測序技術及應用。
5. 組學分析常用數據庫介紹及使用。 |
單細胞轉錄組軌跡、通路、轉錄因子等分析及繪圖實操
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1. 通過Monocle軟件進行單細胞轉錄組擬時間分析。
2. 通過DAVID及metascape網站進行通路富集分析。
3. 通過SCENIC軟件進行轉錄因子預測分析。
4. tSNE,小提琴圖,熱圖,網絡圖,GO、KEGG富集圖,GSEA等圖形繪制。 |