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“生物信息大數(shù)據(jù)系列——Python語言應(yīng)用培訓(xùn)班”通知

瀏覽次數(shù):10365 發(fā)布日期:2017-8-1  來源:本站 本站原創(chuàng),轉(zhuǎn)載請注明出處
各有關(guān)單位:
 
生物信息是一門數(shù)據(jù)科學(xué),需要從業(yè)者具備數(shù)據(jù)收集、管理、處理和分析的能力。在海量的組學(xué)數(shù)據(jù)面前,使用別人開發(fā)的軟件及圖形界面操作往往不能解決工作中的具體問題,往往需要自己進(jìn)行編程來解決。因而編程即成為一個(gè)生物信息工作者的必備技能。本課程就是為生物信息初學(xué)者設(shè)計(jì)的編程研修班。Python語言是至今為止最接近自然語言的編程語言,,中國科學(xué)院計(jì)算技術(shù)研究所煙臺分所特別邀請?jiān)跈C(jī)器視覺和機(jī)器人研發(fā)領(lǐng)域的一線專家,舉辦“生物信息大數(shù)據(jù)系列——Python語言應(yīng)用培訓(xùn)班”。
 
主辦單位:中國科學(xué)院計(jì)算技術(shù)研究所煙臺分所  煙臺中科網(wǎng)絡(luò)技術(shù)研究所
承辦單位:北京中科云暢應(yīng)用技術(shù)研究院
培訓(xùn)時(shí)間地點(diǎn):2017年8月18日 — 2017年8月22日 煙 臺(第一天報(bào)道,培訓(xùn)四天)
培訓(xùn)費(fèi)用:每人3500 元(含報(bào)名費(fèi)、培訓(xùn)費(fèi)、資料費(fèi)),食宿可統(tǒng)一安排,費(fèi)用自理。
報(bào)名電話/傳真: 010-58032788
報(bào)名郵箱:zky_im@vip.126.com
培訓(xùn)方式:1、培訓(xùn)講座; 2、軟件實(shí)操  3、問題咨詢答疑;
報(bào)名辦法:請各有關(guān)部門統(tǒng)一組織本地區(qū)行政、企事業(yè)單位報(bào)名參加會議,各單位也可直接報(bào)名參加。報(bào)名回執(zhí)表請傳真至?xí)⻊?wù)處。
 
頒發(fā)證書:學(xué)員經(jīng)培訓(xùn)考試合格后可以獲得:由中國科學(xué)院計(jì)算技術(shù)研究所煙臺分所頒發(fā)的培訓(xùn)證書。
注:請學(xué)員帶電子版白底彩照、身份證復(fù)印件一張。請學(xué)員自帶筆記本電腦。
 
時(shí)間
課程
主要內(nèi)容
 
 
 
 
 
 
 
 
第一天
Linux 和 Windows 下 Python 語言編寫和運(yùn)行方式
1.Python 的安裝
2.Python 的運(yùn)行
3.IPython notebook 的使用
 
 
1.Python 基本語法和數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)
2.(基于提供的 IPython notebook 同步操作、調(diào)試)
3.層級縮進(jìn)
4.數(shù)值的操作
5.字符串的操作
6.列表操作
7.元組操作
8.Range 使用
9.字典操作
 
Python 輸入和輸出
1.屏幕輸入和輸出
2.文件輸入和輸出
 
 
Python 實(shí)戰(zhàn)練習(xí)
1.讀寫 FASTA 文件
2.讀寫 FASTQ 文件
3.FASTA 序列格式轉(zhuǎn)換
4.FASTA 序列排序
 
 
 
 
第二天
回顧第一天的知識
1.提問考核昨天講過的內(nèi)容
 
 
Python 實(shí)戰(zhàn)練習(xí)
1.FASTQ 序列提取
2.篩選差異基因矩陣
3.轉(zhuǎn)換矩陣格式
4.簡化的序列比對程序
 
Python 正則表達(dá)式
1.正則表達(dá)式講解
2.re 模塊學(xué)習(xí)
3.字符串匹配實(shí)戰(zhàn)
 
 
 
第三天
 
Python 模塊和函數(shù)操作
1.理解 Python 的模塊和函數(shù)
2.Python 模塊安裝
3.函數(shù)寫作講解
 
Python 函數(shù)實(shí)戰(zhàn)練習(xí)
1.第一二天的練習(xí)用函數(shù)重寫,同類功能模塊化
 
Python 命令行參數(shù)處理
1.理解命令行參數(shù)
2.Python 命令行參數(shù)的處理
 
 
第四天
 
 Python 命令行參數(shù)實(shí)戰(zhàn)練習(xí)
1.整合命令行參數(shù)處理到第三天的程序,使得程序可以處理同類問題
1.Python 矩陣處理模塊 Pandas 和畫圖(Python 像 R 一樣處理矩陣和畫圖)
 
1.Pandas 庫介紹
2.矩陣的合并、提取
3.矩陣統(tǒng)計(jì)分析
4.科學(xué)繪圖 (直方圖、箱線圖、餅圖、密度圖、熱圖)
 

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