生物信息學首選語言--Perl語言零基礎培訓班通知

瀏覽次數：4102　發布日期：2013-8-13　來源：本站　本站原創，轉載請注明出處

Perl語言作為絕大多數生物信息學工作者首選語言之一。北京市計算中心生物計算事業部針對沒有任何計算機語言的生物學、醫學、農學等人員，且有從事生物信息學工作相關研究工作的需要。歡迎您報名參加！

主辦單位：北京市計算中心，生物計算事業部

舉辦地：北京，北京市海淀區豐賢中路7號北科產業3號樓

培訓時間：2013年8月26日-29日

報名截止：2013年 8月25日

培訓內容及安排：

日期	時間	授課題目	授課內容
第一天	09:30-10:00	生物信息學與Perl語言概述	概括介紹生物信息學背景與Perl語言的概念及特點
	10:00-10:20	軟件安裝與運行環境調試	Perl語言解釋器、編輯器安裝，Perl程序運行測試
	10:20-12:00	基本操作與基本概念	DOS、Unix命令行操作基本命令；Perl語言基本變量與操作符
	13:30-16:00	基本變量	變量、字符串賦值、基本運算等練習
第二天	09:30-12:00	基本語法結構	判斷結構；循環結構；練習
第二天	13:30-16:00	數組及應用	數組的概念及用法；練習
第三天	09:30-11:00	文件與文件夾操作	文件的讀入與輸入；文件夾操作；練習
	11:00-12:00	二維數組與hash表及應用	二維數組概念、關聯數組(hash表)概念及用法；練習
	13:30-16:00	常用函數及子程序	常用Perl語言基礎函數學習；子程序概念與應用；練習
第四天	09:30-12:00	正則表達式及生物信息學Perl程序實例	Perl特色功能正則表達式學習與應用；生物信息學實例程序學習；練習
第四天	13:30-16:00	Bioperl簡介、CPAN簡介、常用生物信息學數據庫與軟件簡介	Bioperl簡介與安裝；Perl第三方代碼庫CPAN簡介；常用生物信息學數據庫簡介、數據類型與應用；常用生物信息學軟件數據格式及軟件應用簡介
授課實例	1、生物學數據文件批量的合并、分隔、去冗余等。 2、生物信息序列數據fastq、fasta、genbank文件等格式轉換與批量自動化處理。 3、按個性化實驗需求，從生物信息學數據庫文件（如genbank、EMBL）中批量自動化提取特定數據信息。 4、表格矩陣型數據的行列轉換、特定數據信息的自動化過濾與數據篩選等。 5、二代測序原始數據的批量過濾處理，如barcode識別、質量值過濾等。 6、基因、蛋白質序列特定位點的識別，如起始、終止位點、ORF、motif、CDS等。 7、生物信息學數據序列特征提取與自動化統計，如GC百分含量、k-mer統計、基因反向互補轉換等。 8、生物信息學數據庫文件的批量自動化下載與信息提取（選學）。