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羅氏454測序技術提高HIV耐藥檢測靈敏度

瀏覽次數:3226 發布日期:2013-2-19  來源:本站 本站原創,轉載請注明出處
利用454測序技術進行HIV耐藥檢測可提高靈敏度
 
HIV耐藥性是指病毒對某種藥物敏感性降低,在某些核酸類藥物抑制下,病毒可通過自身基因突變獲得對這些藥物的抗藥性,而當有抗藥性的病原微生物再傳染他人時,即可對這些藥物產生抗藥性。由于HIV繁殖存在錯誤率高的逆轉錄這一獨特的復制過程,因此在藥物治療中也最易出現耐藥性。當前,HIV耐藥株已成為醫學界面臨的一個新挑戰。
 
HIV耐藥檢測可用于HIV感染的輔助診斷、病程監控、指導治療方案及療效判定、預測疾病進展等。傳統的基因型檢測方法是將HIV病毒的Pol基因區(蛋白酶區和逆轉錄酶區)序列進行反轉錄擴增,通過Sanger測序技術獲得序列信息,與全球HIV耐藥基因數據對比分析耐藥位點,得到耐藥結果。這種檢測方法只能看到高于20%含量的耐藥位點突變情況,而且不能進行定量檢測。
 
近期,有研究者們利用GS Junior平臺一次性檢測10個HIV臨床樣本,這些病人之前用傳統技術診斷過,有9名發生了耐藥突變,另外11名沒有發生耐藥突變。結果在11人中的6人檢測結果里發現了新的低頻耐藥突變,發現的低頻耐藥突變種類高達50種。
 
該研究充分說明,利用454深度測序技術可以達到傳統檢測方法無法檢測的靈敏度,除了可以進行定量檢測耐藥位點突變情況外,還可檢測低至1%的突變情況,從而為HIV治療提供了更加準確的信息。該研究成果也發表在2013年1月的《臨床微生物學》雜志上。
 
參考文獻:
1. J Clin Microbiol. 2013 Jan 2.Evaluation of a Bench-Top HIV Ultra-Deep Pyrosequencing Drug-Resistance Assay in the Clinical Laboratory.Avidor B, Girshengorn S, Matus N, Talio H, Achsanov S, Zeldis I, Fratty IS, Katchman E, Brosh-Nissimov T, Hassin D, Alon D, Bentwich Z, Yust I, Amit S, Forer R, Shultsman IV, Turner D.


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