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高通量測(cè)序應(yīng)用最新技術(shù)與數(shù)據(jù)分析高級(jí)培訓(xùn)班通知

瀏覽次數(shù):3982 發(fā)布日期:2018-10-29  來(lái)源:本站 本站原創(chuàng),轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明出處
                             關(guān)于舉辦“高通量測(cè)序應(yīng)用最新技術(shù)與數(shù)據(jù)分析”高級(jí)培訓(xùn)班通知
 
各有關(guān)單位:
隨著新一代高通量測(cè)序技術(shù)的快速發(fā)展,在準(zhǔn)確度大大提高的前提下, 進(jìn)一步降低測(cè)序成本。由此不斷產(chǎn)生出巨量的分子生物學(xué)數(shù)據(jù),這些數(shù)據(jù)有著數(shù)量巨大、關(guān)系復(fù)雜的特點(diǎn),以至于不利用計(jì)算機(jī)根本無(wú)法實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)的存儲(chǔ)和分析。隨著生物信息學(xué)作為新興學(xué)科迅速蓬勃發(fā)展,正在改變?nèi)藗冄芯可镝t(yī)學(xué)的傳統(tǒng)方式,高通量測(cè)序技術(shù)以及數(shù)據(jù)分析技術(shù)已成為探索生物學(xué)底層機(jī)制和研究人類(lèi)復(fù)雜疾病診斷、治療及預(yù)后的重要工具,廣泛應(yīng)用于生命科學(xué)各個(gè)領(lǐng)域,是21世紀(jì)生命科學(xué)與生物技術(shù)的重要戰(zhàn)略前沿和主要突破口。為進(jìn)一步推動(dòng)我國(guó)生物信息學(xué)特別是基因組學(xué)的發(fā)展,提高從業(yè)人員的技術(shù)水平。由中科成創(chuàng)(北京)生物技術(shù)有限公司具體承辦,具體事宜通知如下:
 
一、培訓(xùn)目標(biāo)及特點(diǎn):
本培訓(xùn)以第三代測(cè)序、第四代測(cè)序技術(shù)的應(yīng)用與數(shù)據(jù)分析、基因組、轉(zhuǎn)錄組為主題,精心設(shè)計(jì)了具有前沿性、實(shí)用性和針對(duì)性強(qiáng)的理論課程和上機(jī)課程。培訓(xùn)邀請(qǐng)的主講人均是有理論和實(shí)際研究經(jīng)驗(yàn)的人員。學(xué)員通過(guò)與專(zhuān)家直接交流,能夠分享到這些頂尖學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)的研究經(jīng)驗(yàn)和實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)思路。學(xué)員通過(guò)集中專(zhuān)題學(xué)習(xí)后能夠擴(kuò)展思路,在研究技術(shù)方面領(lǐng)悟更多。
二、培訓(xùn)對(duì)象:
大中專(zhuān)院校生物信息、生物計(jì)算、生命科學(xué)、醫(yī)學(xué)、化學(xué)、農(nóng)學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)、數(shù)學(xué)類(lèi)專(zhuān)業(yè)的課程負(fù)責(zé)人、一線(xiàn)教師、教研室骨干人員、教學(xué)管理人員;科研單位從事生物、生命科學(xué)、微生物研究的相關(guān)人員;生物、醫(yī)藥、化學(xué)及相關(guān)企業(yè)的領(lǐng)導(dǎo)與技術(shù)骨干。
三、時(shí)間地點(diǎn):          
2018年11月22日——11月26日 湖北武漢(時(shí)間安排:第1天報(bào)到,授課4天)
培訓(xùn)內(nèi)容 
    章節(jié)
   內(nèi)
生物信息學(xué)介紹
生物信息學(xué)介紹與前沿技術(shù)動(dòng)態(tài)
序列的比對(duì)
1、全局比對(duì)  Clustalw,Muscle,Hmmer
2、局部比對(duì)  Blast, Sim4,Genewise
3、序列比對(duì)算法分析
 
 
基因組/基因注釋分析
1、新一代測(cè)序技術(shù)原理和數(shù)據(jù)處理介紹
2、基因組拼接與組裝
基因組de novo組裝方法
重復(fù)序列分析技術(shù)
3、 RNA分析
tRNA,rRNA,microRNA,snoRNA
RNA干擾,SiRNA預(yù)測(cè)技術(shù)
4
、基因預(yù)測(cè)
原核:Glimmer,真核:Genescan, Augustus
5
基因功能注釋及常用的數(shù)據(jù)庫(kù)介紹
宏基因組
1. 16S rDNA AMPLICON SEQUENCING
1.2. 分析流程圖  數(shù)據(jù)收集、數(shù)據(jù)預(yù)處理、數(shù)據(jù)分析
1.3. 結(jié)果解析
1.4. OTU聚類(lèi)  1.4.2 物種注釋
1.5 物種分布情況   樣品復(fù)雜度分析:α多樣性
Coverage  Chao指數(shù)
ACE指數(shù)   Shannon曲線(xiàn)   Richness rarefaction曲線(xiàn)
 
DNA測(cè)序技術(shù)-轉(zhuǎn)錄組分析的進(jìn)化
1、第一代測(cè)序技術(shù):Sanger測(cè)序原理
2、第二代測(cè)序技術(shù):Illumina,454, Ion Torrent原理
3、第三代測(cè)序技術(shù):PacBio, Hellicos原理
4、第四代測(cè)序技術(shù):   Oxford NanoPore原理
5、其他技術(shù)Hybridization based methods (NabSys)
Experimental   procedure for transcriptomic analysis
Introduction
Number of duplications
Sequencing coverage
Transcriptomic analysis using NGS (RNA-Seq)
Transcriptomic analysis using PacBio (Iso-Seq)
IsoSeq Experimental design
Data analysis  (part 1):data pre-processing
 
evaluation of data quality 數(shù)據(jù)分析
Data format,fasta,fastq,quality value,gff3 Data cleanup
Quality filter, trimmer, clipper
 
Data analysis (part 2):reference free analyses(無(wú)參轉(zhuǎn)錄組分析)
Gene discovery
Trinity de novo transcriptome assembly
Analysis of Differential Expressed Gene (DEGs
Abundance estimation using RSEM
Differential expression analysis using EdgeR
Explore the results (cummerbund)
MA plot, Volcano plot, False Discovery Rate (FDR)
hierarchical two-way clustering, pairwise sample-distance, gene expression profiles.
 
使用R語(yǔ)言進(jìn)行生物信息學(xué)相關(guān)的分析
使用R語(yǔ)言相關(guān)的包對(duì)轉(zhuǎn)錄組等組學(xué)的高通量測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行差異表達(dá)、富集分析等。
生物信息學(xué)專(zhuān)業(yè)圖KEGG、GO等的繪制方法與運(yùn)用R語(yǔ)言進(jìn)行實(shí)現(xiàn)
基因組可視化軟件circos的使用
 
使用circos繪制基因組圈圖
生物信息學(xué)專(zhuān)業(yè)常用工具及繪圖方法
應(yīng)用生物信息常用的工具進(jìn)行專(zhuān)業(yè)繪圖及格式轉(zhuǎn)換;
學(xué)BioEdit、WeGO等常用生物學(xué)專(zhuān)業(yè)軟件的圖表及格式轉(zhuǎn)換
五、主講專(zhuān)家:
主講專(zhuān)家來(lái)自中科院等科研機(jī)構(gòu)的高級(jí)專(zhuān)家,擁有豐富的科研及工程技術(shù)經(jīng)驗(yàn),長(zhǎng)期從事生物信息領(lǐng)域項(xiàng)目研究,具有資深的技術(shù)底蘊(yùn)和專(zhuān)業(yè)背景。
六、報(bào)名辦法及費(fèi)用: 
每人¥4300元(含報(bào)名費(fèi)、培訓(xùn)費(fèi)、資料費(fèi))
報(bào)名優(yōu)惠:11月9日之前成功報(bào)名匯款享受報(bào)名費(fèi)95折優(yōu)惠。
團(tuán)隊(duì)報(bào)名:4+1優(yōu)惠。(5位其中1位免除費(fèi)用)
食宿可統(tǒng)一安排,費(fèi)用自理。請(qǐng)各有關(guān)部門(mén)統(tǒng)一組織本地區(qū)行政、企事業(yè)單位報(bào)名參加培訓(xùn),各單位也可直接報(bào)名參加,報(bào)名回執(zhí)表請(qǐng)回傳至?xí)⻊?wù)處。
七、 聯(lián)系方式:
聯(lián)系電話(huà)/傳真:010-59479271   17744569660     聯(lián)系人:楊老師
報(bào)名郵箱:zkcc_BIS@vip.163.com
                                       中科成創(chuàng)(北京)生物技術(shù)有限公司
                                                  二零一八年十月二十號(hào)  
參考附件:報(bào)名回執(zhí)表.doc          

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