除了更長讀長的表現，v2.8在GS Reference Mapper軟件中增加了對多樣本結果分離的功能，以及SNP檢測效果上的提升。在GS Amplicon Variant Analyzer軟件中增加了對單堿基插入缺失的自動查找，提供更加簡便的Amplicon測序分析流程的構建。