2010年8月31日

By Monica Heger

英國研究人員于上周公布了首個小麥基因組序列。其中，研究人員利用羅氏454 GS FLX測序平臺，以5倍的基因組覆蓋度對小麥基因組進行測序，并覆蓋95%的小麥已知基因。

該項目至今歷時一年左右，期間獲得來自于英國生物技術和生物科學研究學會為期兩年約170萬英鎊（260萬美元）的項目資助。

在接下來的一年中，研究人員計劃對測序結果做進一步分析，并對單核苷酸多態性（SNP）進行驗證。

“我們不僅僅要拼接出完整的小麥基因組草圖，而更重要的目標在于鑒別出不同小麥品種間多態性，尤其是與基因及特異基因組拷貝數有關的單核苷酸多態性”，利物浦大學功能及比較基因組學教授及項目首席科學家Neil Hall說到。

Hall教授表示，整個測序項目的完成是基于羅氏454 GS Titanium測序試劑及儀器平臺。該平臺其能夠實現穩定400bp以上的測序讀長，其科研小組在一些測序運行中還獲得更高至650bp的測序讀長。長讀長便意味著序列拼接的顯著優勢。同時，Hall教授表示，他們也完成了一部分轉錄組測序，以幫助確定哪些編碼區出現SNP，并確定相關基因表達。

小麥基因組測序工作非常具有難度及挑戰。之所以選擇羅氏454平臺，Hall教授認為，因為小麥基因組非常大約16Gb，約為人基因組的5倍，是目前測定過的最大的基因組之一。且其具有許多重復區域，是一個相當復雜的六倍體基因組。相比一些短讀長平臺，454的長讀長優勢能夠非常有效地幫助確認某一SNP對于某一特定小麥品種是否具有特異性，其是否是雜合或純合。

研究人員認為，對該小麥參考品種Chinese Spring wheat的序列解讀，將使他們能夠更好地了解小麥品系遺傳差異引起的農業相關的表型性狀，如干旱、耐鹽性及高產量。

該序列數據目前也已被上傳到歐洲生物信息研究所和美國國家生物技術信息中心的數據檔案中。

 

國際小麥基因組測序聯盟委員和BBSRC基因組分析中心主任Jane Rogers，在一份聲明中強調，小麥基因組草圖數據的發布 “將成為科學家和植物育種領域強有力的平臺，以進一步鑒定小麥品種之間的遺傳差異”。